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@ -824,6 +824,57 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre
formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des
systèmes à membranes.
\subsection{Transitions de phase dans le systèmes complexes}
\noindent
\hspace{2.7mm}
{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
Stagiaire : & \emph{Saïd \textsc{Ider}, Université d'Évry} \\
Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\
Durée : & 19 avril13 juin 2022
\end{tabularx}
}
La complexité est omniprésente dans notre environnement, et les
organismes vivants sont parmi les structures comportant le plus de
complexité. Cela se manifeste à tous les niveaux, à commencer par les
réactions biochimiques voire quantiques, jusqu'aux interactions dans
les écosystèmes, en passant par l'organisation des tissus, des
organes, et des organismes entiers. L'une des stratégies classiques
pour pallier partiellement à la complexité des comportements d'un
système est d'étudier ses états d'équilibre, c'est-à-dire les états
dans lesquels le système se fige indéfiniment, en gardant l'ensemble
de ses caractéristiques inchangées. Si cette approche montre des
résultats prometteurs, elle ignore l'une des spécificités
fondamentales du vivant, qui se nourrit des flux d'énergies de son
environnement, et qui cesse de vivre dès qu'il est isolé de ses flux
de prédilection. Les systèmes biologiques sont donc éloignés de leurs
états d'équilibre énergétique lorsqu'ils manifestent les
comportements complexes.
L'étude des processus biologiques en dehors de leurs états d'équilibre
thermodynamique est un objectif aussi dur qu'il est souhaitable. La
complexité des phénomènes hors équilibre dépasse dans de nombreux cas
les limites d'analyse des outils informatiques et mathématiques
habituellement appliqués. Une façon d'approcher la compréhension de
ces phénomènes est d'étudier les transitions de phase : les
changements dramatiques entre deux configurations du système, qui
peuvent séparément être vues comme des états d'équilibre.
L'étude des transitions de phase est habituellement effectuée dans les
cadres mathématiques continus. Dans ces cadres, un système dynamique
est représenté comme un ensemble de trajectoires dans un espace de
paramètres réels (l'espace de phase). Or, les formalismes discrets
comme les réseaux booléens montrent des résultats de plus en plus
prometteurs dans la modélisation et étude des systèmes complexes. Afin
d'étudier les transitions de phase dans les réseaux booléens, il est
d'abord nécessaire de définir une façon dont ces systèmes dynamiques
discrets puissent modéliser ces transitions. Poser cette définition
sera l'objectif principal de ce stage d'initiation à la
recherche. Dans un second temps, le stagiaire développera un prototype
de simulateur de réseaux booléens en Racket : un langage de
programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
\subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN}
\noindent
\hspace{2.7mm}