Add Saïd's internship.
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@ -824,6 +824,57 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre
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formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des
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systèmes à membranes.
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\subsection{Transitions de phase dans le systèmes complexes}
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\hspace{2.7mm}
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{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
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\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
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Stagiaire : & \emph{Saïd \textsc{Ider}, Université d'Évry} \\
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Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\
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Durée : & 19 avril–13 juin 2022
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\end{tabularx}
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}
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La complexité est omniprésente dans notre environnement, et les
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organismes vivants sont parmi les structures comportant le plus de
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complexité. Cela se manifeste à tous les niveaux, à commencer par les
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réactions biochimiques voire quantiques, jusqu'aux interactions dans
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les écosystèmes, en passant par l'organisation des tissus, des
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organes, et des organismes entiers. L'une des stratégies classiques
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pour pallier partiellement à la complexité des comportements d'un
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système est d'étudier ses états d'équilibre, c'est-à-dire les états
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dans lesquels le système se fige indéfiniment, en gardant l'ensemble
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de ses caractéristiques inchangées. Si cette approche montre des
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résultats prometteurs, elle ignore l'une des spécificités
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fondamentales du vivant, qui se nourrit des flux d'énergies de son
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environnement, et qui cesse de vivre dès qu'il est isolé de ses flux
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de prédilection. Les systèmes biologiques sont donc éloignés de leurs
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états d'équilibre énergétique lorsqu'ils manifestent les
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comportements complexes.
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L'étude des processus biologiques en dehors de leurs états d'équilibre
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thermodynamique est un objectif aussi dur qu'il est souhaitable. La
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complexité des phénomènes hors équilibre dépasse dans de nombreux cas
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les limites d'analyse des outils informatiques et mathématiques
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habituellement appliqués. Une façon d'approcher la compréhension de
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ces phénomènes est d'étudier les transitions de phase : les
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changements dramatiques entre deux configurations du système, qui
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peuvent séparément être vues comme des états d'équilibre.
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L'étude des transitions de phase est habituellement effectuée dans les
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cadres mathématiques continus. Dans ces cadres, un système dynamique
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est représenté comme un ensemble de trajectoires dans un espace de
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paramètres réels (l'espace de phase). Or, les formalismes discrets –
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comme les réseaux booléens – montrent des résultats de plus en plus
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prometteurs dans la modélisation et étude des systèmes complexes. Afin
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d'étudier les transitions de phase dans les réseaux booléens, il est
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d'abord nécessaire de définir une façon dont ces systèmes dynamiques
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discrets puissent modéliser ces transitions. Poser cette définition
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sera l'objectif principal de ce stage d'initiation à la
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recherche. Dans un second temps, le stagiaire développera un prototype
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de simulateur de réseaux booléens en Racket : un langage de
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programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
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\subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN}
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\hspace{2.7mm}
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