diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index 84f61a6..bc71ad5 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -824,6 +824,57 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des systèmes à membranes. +\subsection{Transitions de phase dans le systèmes complexes} +\noindent +\hspace{2.7mm} +{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}% +\begin{tabularx}{\textwidth}{l X} + Stagiaire : & \emph{Saïd \textsc{Ider}, Université d'Évry} \\ + Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\ + Durée : & 19 avril–13 juin 2022 +\end{tabularx} +} + +La complexité est omniprésente dans notre environnement, et les +organismes vivants sont parmi les structures comportant le plus de +complexité. Cela se manifeste à tous les niveaux, à commencer par les +réactions biochimiques voire quantiques, jusqu'aux interactions dans +les écosystèmes, en passant par l'organisation des tissus, des +organes, et des organismes entiers. L'une des stratégies classiques +pour pallier partiellement à la complexité des comportements d'un +système est d'étudier ses états d'équilibre, c'est-à-dire les états +dans lesquels le système se fige indéfiniment, en gardant l'ensemble +de ses caractéristiques inchangées. Si cette approche montre des +résultats prometteurs, elle ignore l'une des spécificités +fondamentales du vivant, qui se nourrit des flux d'énergies de son +environnement, et qui cesse de vivre dès qu'il est isolé de ses flux +de prédilection. Les systèmes biologiques sont donc éloignés de leurs +états d'équilibre énergétique lorsqu'ils manifestent les +comportements complexes. + +L'étude des processus biologiques en dehors de leurs états d'équilibre +thermodynamique est un objectif aussi dur qu'il est souhaitable. La +complexité des phénomènes hors équilibre dépasse dans de nombreux cas +les limites d'analyse des outils informatiques et mathématiques +habituellement appliqués. Une façon d'approcher la compréhension de +ces phénomènes est d'étudier les transitions de phase : les +changements dramatiques entre deux configurations du système, qui +peuvent séparément être vues comme des états d'équilibre. + +L'étude des transitions de phase est habituellement effectuée dans les +cadres mathématiques continus. Dans ces cadres, un système dynamique +est représenté comme un ensemble de trajectoires dans un espace de +paramètres réels (l'espace de phase). Or, les formalismes discrets – +comme les réseaux booléens – montrent des résultats de plus en plus +prometteurs dans la modélisation et étude des systèmes complexes. Afin +d'étudier les transitions de phase dans les réseaux booléens, il est +d'abord nécessaire de définir une façon dont ces systèmes dynamiques +discrets puissent modéliser ces transitions. Poser cette définition +sera l'objectif principal de ce stage d'initiation à la +recherche. Dans un second temps, le stagiaire développera un prototype +de simulateur de réseaux booléens en Racket : un langage de +programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp. + \subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN} \noindent \hspace{2.7mm}