Add a subsection on my postdoc.
This commit is contained in:
parent
7a0363aa54
commit
9513978ffd
1 changed files with 53 additions and 0 deletions
|
@ -487,6 +487,59 @@ une définition formelle de la modélisation tire, en parti, son
|
|||
inspiration des travaux d'Andrée Ehressman~\cite{Ehressman12} sur les
|
||||
processus évolutifs à mémoire.
|
||||
|
||||
\subsubsection{Modélisation biomécanique du squelette cellulaire}
|
||||
Les plaquettes sanguines (thrombocytes) sont des cellules sanguines
|
||||
responsables pour les premières phases de l'hémostase : l'arrêt de
|
||||
saignement après la blessure de la paroi d'un vaisseau sanguin. Les
|
||||
plaquettes transforment le fibrinogène présent dans le plasma sanguin
|
||||
en structures fibreuses qui bouchent la plaie. Dans son état normal,
|
||||
la paroi d'un vaisseau secrète de l'oxyde nitrique qui empêche
|
||||
l'activation des plaquettes. Lorsque la paroi est lésée, le manque de
|
||||
l'oxyde nitrique induit l'activation des plaquettes.
|
||||
|
||||
Lors de l'activation, les plaquettes sanguines subissent une
|
||||
transformation de forme rapide (à l'échelle de quelques minutes) :
|
||||
ayant normalement la forme d'un disque, elle rétrécissent et
|
||||
deviennent des sphères. Il a été montré que ce changement de forme est
|
||||
dû à l'activité du squelette cellulaire, constitué des fibres d'actine
|
||||
et de tubuline. Le but de mon projet est de développer un outil de
|
||||
modélisation biomécanique des fibres de tubuline (microtubules) pour
|
||||
ensuite analyser leur rôle dans l'activation des plaquettes.
|
||||
|
||||
L'outil de modélisation que je suis en train de développer devra
|
||||
réaliser les trois fonctions suivantes :
|
||||
\begin{itemize}
|
||||
\item représentation informatique de la dynamique microtubules à
|
||||
travers un modèle masse-ressort paramétrable,
|
||||
\item représentation informatique de l'action des moteurs moléculaires
|
||||
qui assurent l'adhésion et le déplacement relatif des microtubules,
|
||||
\item affichage graphique des simulations effectuées.
|
||||
\end{itemize}
|
||||
|
||||
L'outil est développé en C++, un langage qui possède quelques
|
||||
propriétés clefs :
|
||||
\begin{itemize}
|
||||
\item acceptation quasi universelle dans le milieu de la modélisation
|
||||
biologique;
|
||||
\item représentation naturelle de concepts abstraits via la syntaxe
|
||||
pour la programmation objet;
|
||||
\item contrôle fin sur l'usage de diverses ressources, permettant
|
||||
l'optimisation ciblée des applications.
|
||||
\end{itemize}
|
||||
|
||||
L'outil logiciel sera intégré dans le framework de modélisation
|
||||
biologique générique développé par Nicolas \textsc{Glade}. Pour rendre
|
||||
cela possible, nous employons des techniques de programmation objet
|
||||
et, en partie, de programmation fonctionnelle. Les outils développés
|
||||
dans ce cadre ne seront donc pas ad hoc (comme habituel dans la
|
||||
modélisation biologique), mais pourront être réutilisés dans des
|
||||
simulations différentes, y compris dans l'étude des systèmes complexes
|
||||
non-biologiques. Nous consacrons également un effort important à
|
||||
l'accessibilité des outils aux modélisateurs qui ne possèdent pas
|
||||
forcement de l'expertise en programmation objet ou en C++ : nous
|
||||
accompagnons les nouveaux utilisateurs et, à terme, nous mettrons en
|
||||
œuvre un système graphique de conceptions de modèles.
|
||||
|
||||
\subsection{Projets de programmation}
|
||||
Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs
|
||||
projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de
|
||||
|
|
Loading…
Reference in a new issue