From 9513978ffd80a89f513b6ce535fa5f6ee5d5cfb8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Sergiu Ivanov Date: Thu, 2 Mar 2017 17:58:47 +0100 Subject: [PATCH] Add a subsection on my postdoc. --- recherche.tex | 53 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 53 insertions(+) diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index c38f775..a9661c5 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -487,6 +487,59 @@ une définition formelle de la modélisation tire, en parti, son inspiration des travaux d'Andrée Ehressman~\cite{Ehressman12} sur les processus évolutifs à mémoire. +\subsubsection{Modélisation biomécanique du squelette cellulaire} +Les plaquettes sanguines (thrombocytes) sont des cellules sanguines +responsables pour les premières phases de l'hémostase : l'arrêt de +saignement après la blessure de la paroi d'un vaisseau sanguin. Les +plaquettes transforment le fibrinogène présent dans le plasma sanguin +en structures fibreuses qui bouchent la plaie. Dans son état normal, +la paroi d'un vaisseau secrète de l'oxyde nitrique qui empêche +l'activation des plaquettes. Lorsque la paroi est lésée, le manque de +l'oxyde nitrique induit l'activation des plaquettes. + +Lors de l'activation, les plaquettes sanguines subissent une +transformation de forme rapide (à l'échelle de quelques minutes) : +ayant normalement la forme d'un disque, elle rétrécissent et +deviennent des sphères. Il a été montré que ce changement de forme est +dû à l'activité du squelette cellulaire, constitué des fibres d'actine +et de tubuline. Le but de mon projet est de développer un outil de +modélisation biomécanique des fibres de tubuline (microtubules) pour +ensuite analyser leur rôle dans l'activation des plaquettes. + +L'outil de modélisation que je suis en train de développer devra +réaliser les trois fonctions suivantes : +\begin{itemize} +\item représentation informatique de la dynamique microtubules à + travers un modèle masse-ressort paramétrable, +\item représentation informatique de l'action des moteurs moléculaires + qui assurent l'adhésion et le déplacement relatif des microtubules, +\item affichage graphique des simulations effectuées. +\end{itemize} + +L'outil est développé en C++, un langage qui possède quelques +propriétés clefs : +\begin{itemize} +\item acceptation quasi universelle dans le milieu de la modélisation + biologique; +\item représentation naturelle de concepts abstraits via la syntaxe + pour la programmation objet; +\item contrôle fin sur l'usage de diverses ressources, permettant + l'optimisation ciblée des applications. +\end{itemize} + +L'outil logiciel sera intégré dans le framework de modélisation +biologique générique développé par Nicolas \textsc{Glade}. Pour rendre +cela possible, nous employons des techniques de programmation objet +et, en partie, de programmation fonctionnelle. Les outils développés +dans ce cadre ne seront donc pas ad hoc (comme habituel dans la +modélisation biologique), mais pourront être réutilisés dans des +simulations différentes, y compris dans l'étude des systèmes complexes +non-biologiques. Nous consacrons également un effort important à +l'accessibilité des outils aux modélisateurs qui ne possèdent pas +forcement de l'expertise en programmation objet ou en C++ : nous +accompagnons les nouveaux utilisateurs et, à terme, nous mettrons en +œuvre un système graphique de conceptions de modèles. + \subsection{Projets de programmation} Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de