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@ -487,6 +487,59 @@ une définition formelle de la modélisation tire, en parti, son
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inspiration des travaux d'Andrée Ehressman~\cite{Ehressman12} sur les
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inspiration des travaux d'Andrée Ehressman~\cite{Ehressman12} sur les
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processus évolutifs à mémoire.
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processus évolutifs à mémoire.
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\subsubsection{Modélisation biomécanique du squelette cellulaire}
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Les plaquettes sanguines (thrombocytes) sont des cellules sanguines
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responsables pour les premières phases de l'hémostase : l'arrêt de
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saignement après la blessure de la paroi d'un vaisseau sanguin. Les
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plaquettes transforment le fibrinogène présent dans le plasma sanguin
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en structures fibreuses qui bouchent la plaie. Dans son état normal,
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la paroi d'un vaisseau secrète de l'oxyde nitrique qui empêche
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l'activation des plaquettes. Lorsque la paroi est lésée, le manque de
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l'oxyde nitrique induit l'activation des plaquettes.
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Lors de l'activation, les plaquettes sanguines subissent une
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transformation de forme rapide (à l'échelle de quelques minutes) :
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ayant normalement la forme d'un disque, elle rétrécissent et
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deviennent des sphères. Il a été montré que ce changement de forme est
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dû à l'activité du squelette cellulaire, constitué des fibres d'actine
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et de tubuline. Le but de mon projet est de développer un outil de
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modélisation biomécanique des fibres de tubuline (microtubules) pour
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ensuite analyser leur rôle dans l'activation des plaquettes.
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L'outil de modélisation que je suis en train de développer devra
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réaliser les trois fonctions suivantes :
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\begin{itemize}
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\item représentation informatique de la dynamique microtubules à
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travers un modèle masse-ressort paramétrable,
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\item représentation informatique de l'action des moteurs moléculaires
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qui assurent l'adhésion et le déplacement relatif des microtubules,
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\item affichage graphique des simulations effectuées.
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\end{itemize}
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L'outil est développé en C++, un langage qui possède quelques
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propriétés clefs :
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\begin{itemize}
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\item acceptation quasi universelle dans le milieu de la modélisation
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biologique;
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\item représentation naturelle de concepts abstraits via la syntaxe
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pour la programmation objet;
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\item contrôle fin sur l'usage de diverses ressources, permettant
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l'optimisation ciblée des applications.
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\end{itemize}
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L'outil logiciel sera intégré dans le framework de modélisation
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biologique générique développé par Nicolas \textsc{Glade}. Pour rendre
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cela possible, nous employons des techniques de programmation objet
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et, en partie, de programmation fonctionnelle. Les outils développés
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dans ce cadre ne seront donc pas ad hoc (comme habituel dans la
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modélisation biologique), mais pourront être réutilisés dans des
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simulations différentes, y compris dans l'étude des systèmes complexes
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non-biologiques. Nous consacrons également un effort important à
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l'accessibilité des outils aux modélisateurs qui ne possèdent pas
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forcement de l'expertise en programmation objet ou en C++ : nous
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accompagnons les nouveaux utilisateurs et, à terme, nous mettrons en
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œuvre un système graphique de conceptions de modèles.
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\subsection{Projets de programmation}
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\subsection{Projets de programmation}
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Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs
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Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs
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projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de
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projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de
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