Add Mustapha's internship.

recherche.tex

@@ -917,6 +917,51 @@ abstract Tile Assembly Model. À l'issue de cette lecture, le stagiaire
 développera un prototype de simulateur de modèle aTAM en Racket : un
 langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
 
+\subsection{Auto-assemblage d'ADN et les grammaires de tableaux}
+\noindent
+\hspace{2.7mm}
+{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
+\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
+  Stagiaire : & \emph{Mustapha \textsc{Si Kaddour}, Université d'Évry} \\
+  Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\
+  Durée : & 19 avril–13 juin 2022
+\end{tabularx}
+}
+
+Les molécules d’ADN sont des polymères de 4 nucléotides et s’associent
+souvent dans une double hélice, maintenue ensemble par les liaisons
+hydrogène selon la célèbre complémentarité établie par James Watson et
+Francis Crick en 1953. Cette structure est très robuste et peut former
+des séquences repliées sur elles-mêmes dans les chromosomes contenant
+des centaines de millions de paires de nucléotides.  Au-delà du
+maintien fiable de l'information génétique, la complémentarité de
+Watson-Crick définit également un comportement dynamique très
+particulier : l'auto-assemblage. Si deux brins d'ADN libres possèdent
+des sous-séquences complémentaires, les segments correspondants
+pourront s'associer spontanément, pliant les segments non
+complémentaires et engendrant ainsi diverses formes.
+
+Paul W.K. Rothemund et Erik Winfree ont développé la méthode
+d'auto-assemblage suivante : en repliant des brins d'ADN, ils ont été
+capables de fabriquer des « pièces » (d'une taille de l'ordre du
+nanomètre) interagissant entre elles pour former un « puzzle ». Ainsi,
+il suffit de se concentrer sur la conception de pièces simples et de
+les laisser s'organiser d'elles-mêmes en une forme plus complexe.
+
+Le stagiaire lira d'abord l'article fondateur « Folding DNA to create
+nanoscale shapes and patterns » de Paul W.K. Rothemund (Nature) et le
+travail « The program-size complexity of self-assembled path is
+decidable » de P.É. Meunier, D. Regnault, D. Woods (STOC 2020), qui
+décrit formellement le modèle aTAM : abstract Tile Assembly
+Model. Ensuite, le stagiaire étudiera l'un des travaux sur les
+grammaires de tableaux, un modèle de réécriture classique dont les
+règles opèrent sur des grilles infinies de symboles. Ce modèle se
+rapproche naturellement du modèle aTAM. L'objectif du stage sera de
+mettre en avant formellement ce rapprochement, en démontrant des liens
+de simulation entre les deux modèles. Enfin, le stagiaire développera
+un prototype de simulateur de grammaires de tableaux en Racket : un
+langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
+
 \subsubsection{Millefeuille évolutionnaire : une nouvelle formalisation de l'évolution}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}