diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index bc71ad5..720648d 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -917,6 +917,51 @@ abstract Tile Assembly Model. À l'issue de cette lecture, le stagiaire développera un prototype de simulateur de modèle aTAM en Racket : un langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp. +\subsection{Auto-assemblage d'ADN et les grammaires de tableaux} +\noindent +\hspace{2.7mm} +{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}% +\begin{tabularx}{\textwidth}{l X} + Stagiaire : & \emph{Mustapha \textsc{Si Kaddour}, Université d'Évry} \\ + Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\ + Durée : & 19 avril–13 juin 2022 +\end{tabularx} +} + +Les molécules d’ADN sont des polymères de 4 nucléotides et s’associent +souvent dans une double hélice, maintenue ensemble par les liaisons +hydrogène selon la célèbre complémentarité établie par James Watson et +Francis Crick en 1953. Cette structure est très robuste et peut former +des séquences repliées sur elles-mêmes dans les chromosomes contenant +des centaines de millions de paires de nucléotides. Au-delà du +maintien fiable de l'information génétique, la complémentarité de +Watson-Crick définit également un comportement dynamique très +particulier : l'auto-assemblage. Si deux brins d'ADN libres possèdent +des sous-séquences complémentaires, les segments correspondants +pourront s'associer spontanément, pliant les segments non +complémentaires et engendrant ainsi diverses formes. + +Paul W.K. Rothemund et Erik Winfree ont développé la méthode +d'auto-assemblage suivante : en repliant des brins d'ADN, ils ont été +capables de fabriquer des « pièces » (d'une taille de l'ordre du +nanomètre) interagissant entre elles pour former un « puzzle ». Ainsi, +il suffit de se concentrer sur la conception de pièces simples et de +les laisser s'organiser d'elles-mêmes en une forme plus complexe. + +Le stagiaire lira d'abord l'article fondateur « Folding DNA to create +nanoscale shapes and patterns » de Paul W.K. Rothemund (Nature) et le +travail « The program-size complexity of self-assembled path is +decidable » de P.É. Meunier, D. Regnault, D. Woods (STOC 2020), qui +décrit formellement le modèle aTAM : abstract Tile Assembly +Model. Ensuite, le stagiaire étudiera l'un des travaux sur les +grammaires de tableaux, un modèle de réécriture classique dont les +règles opèrent sur des grilles infinies de symboles. Ce modèle se +rapproche naturellement du modèle aTAM. L'objectif du stage sera de +mettre en avant formellement ce rapprochement, en démontrant des liens +de simulation entre les deux modèles. Enfin, le stagiaire développera +un prototype de simulateur de grammaires de tableaux en Racket : un +langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp. + \subsubsection{Millefeuille évolutionnaire : une nouvelle formalisation de l'évolution} \noindent \hspace{2.7mm}