pn-biomodelling: Add.

en/home.org

@@ -64,7 +64,7 @@ Jump to:
   - [[file:latex-intro.org][introduction to LaTeX]]
   - [[file:os-ueve.org][operating systems]]
   - [[file:alife-intro.org][a very quick introduction to artificial life]]
-  - Petri nets for biomodelling
+  - [[file:pn-biomodelling.org][Petri nets for biomodelling]]
   - introduction to Cytoscape
   - To Git or Not to Git
   - Haskell for Life

en/pn-biomodelling.org

@@ -0,0 +1,77 @@
+#+TITLE: Petri Nets for Biomodelling: An Introduction
+
+#+LANGUAGE: en
+
+#+ATTR_HTML: :alt in French  :class lang-lifted
+[[file:../fr/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/fr.png]]
+
+#+ATTR_HTML: :alt return home  :class home
+[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
+
+The goal of this course is to introduce students to [[https://en.wikipedia.org/wiki/Petri_net][Petri nets]],
+explore some of their properties, and show how Petri nets can be used
+in biomodelling. After having taken this course, the students will be
+able to build Petri net models of biological phenomena (including
+using some extensions, like basic coloured Petri nets and inhibitors
+arcs) and to relate the formal properties of these models to the
+biological properties of the modelled phenomenon.
+
+This course does not require prior experience in theoretical computer
+science or biology and is part of the course "Network medicine" taught
+to students following the [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][GENIOMHE]] MSc. program at [[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université
+d'Évry]].
+
+The course consists of 4 sections, the first three focusing on Petri
+nets and their properties and the last one being a practical
+assignment. The sections are designed to reflect logical differences
+in content and need not correspond to actual sessions.
+
+#+ATTR_HTML:  :alt image of Creative Commons Attribution Alone licence  :class ccby
+[[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][file:../content/imgs/ccby.png]]
+
+The materials of this course are distributed under the [[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][Creative
+Commons Attribution Alone licence]].
+
+
+* Definitions
+  This section starts by motivating the model of Petri nets and gives
+  the definition of the model and of the evolution modes. Particular
+  focus is on the synchronous and the asynchronous evolution
+  modes. The parallel with [[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiset][multiset]] rewriting is also shown.
+
+  The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][here]].
+
+* Extensions
+  This sections briefly points some limitations of the original Petri
+  net model and shows the classical extended variants, like coloured
+  tokens or inhibitor arcs. The cost of extensions is intuitively
+  evaluated with respect to decidability: more expressive variants are
+  often undecidable.
+
+  The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][here]].
+
+* Properties
+  In this section some of the fundamental structural and behavioural
+  properties of Petri nets are presented. Behavioural properties are
+  introduced before structural properties because the former are
+  easier to grasp. This section includes a number of exercises to be
+  done interactively with the students. Additional exercises may be
+  given on the whiteboard.
+
+  The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf][here]].
+
+* Case Studies
+  This section is a practical assignment in which the students should
+  use Petri nets to model and analyse two simplified biological
+  networks. [[http://projects.laas.fr/tina/][The TINA toolbox]] is the suggested tool for Petri net
+  analysis, even though other tools may also be used.
+
+  The text of this assignment is [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][here]].
+
+
+* Local Variables                                                  :noexport:
+  # Local Variables:
+  # org-link-file-path-type: relative
+  # eval: (auto-fill-mode)
+  # ispell-local-dictionary: "en"
+  # End:

fr/home.org

@@ -67,7 +67,7 @@ Liens rapides :
   - [[file:latex-intro.org][introduction à LaTeX]]
   - [[file:os-ueve.org][systèmes d'exploitation]]
   - [[file:alife-intro.org][une introduction très rapide à la vie artificielle]]
-  - réseaux de Petri pour la biomodélisation
+  - [[file:pn-biomodelling.org][réseaux de Petri pour la biomodélisation]]
   - introduction à Cytoscape
   - To Git or Not to Git
   - Haskell for Life

fr/pn-biomodelling.org

@@ -0,0 +1,81 @@
+#+TITLE: Introduction à la modélisation biologique avec les réseaux de Petri
+
+#+LANGUAGE: fr
+
+#+ATTR_HTML: :alt en anglais  :class lang-lifted
+[[file:../en/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/en.png]]
+
+#+ATTR_HTML: :alt return home  :class home
+[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
+
+Le but de ce cours est de familiariser les étudiants avec les [[https://fr.wikipedia.org/wiki/R%25C3%25A9seau_de_Petri][réseaux
+de Petri]], d'étudier quelques-unes de leurs propriétés, ainsi que de
+montrer les façons dont les réseaux de Petri peuvent être appliqués
+dans le cadre de la modélisation biologique. À la fin de ce cours les
+étudiants sauront modéliser des phénomènes biologiques avec les
+réseaux de Petri (y compris les réseaux de Petri étendus, typiquement
+les réseaux de Petri colorés ou avec des arcs inhibiteurs) et de
+relier leurs propriétés formelles avec les propriétés biologiques du
+système modélisé.
+
+Ce cours fait partie du cours « Network medicine » (« Médecine de
+réseaux ») enseigné en [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][Master 2 GENIOMHE]] à l'[[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université d'Évry]]. Ce
+cours n'exige pas d'expérience passée d'informatique théorique ou de
+biologie. L'enseignement se fait en anglais.
+
+Le cours consiste en 4 parties, les 3 premières étudiant les réseaux
+de Petri et leurs propriétés et la dernière étant un TD sur
+machine. Les parties reflètent plutôt les modules logiques du contenu
+enseigné et peuvent ne pas correspondre au déroulement des séances.
+
+#+ATTR_HTML:  :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone  :class ccby
+[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]]
+
+Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative
+Commons Paternité]].
+
+
+* Définitions
+  Cette partie donne la motivation pour l'introduction des réseaux de
+  Petri et définit formellement le modèle ainsi que ses modes
+  d'évolution (de dynamique), notamment les modes synchrone et
+  asynchrone. Le parallèle entre les réseaux de Petri et la réécriture
+  de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Multiensemble][multiensembles]] est mis en avant.
+
+  Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
+
+* Extensions
+  Cette partie indique quelques limitations de la version de base des
+  réseaux de Petri et introduit les extensions classiques, comme les
+  couleurs de jetons ou encore les arcs inhibiteurs. Le coût des
+  extensions est évalué de façon intuitive par rapport à la
+  décidabilité : les variantes plus expressives sont souvent
+  indécidables.
+
+  Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
+
+* Propriétés
+  Cette partie explore quelques propriétés comportementales et
+  structurelles fondamentales des réseaux de Petri. Les propriétés
+  comportementales sont abordées en premier puisqu'elles sont plus
+  faciles à comprendre. Cette partie inclut quelques exercices qui
+  devraient être résolus de façon interactive. Des exercices
+  supplémentaires peuvent être donnés au tableau.
+
+  Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][ici]].
+
+* Études de cas
+  Cette partie est un TD dans lequel les étudiants sont invités à
+  utiliser les réseaux de Petri afin de modéliser et analyser deux
+  réseaux biologiques simplifiés. L'outil logiciel proposé est le [[http://projects.laas.fr/tina/][TINA
+  toolbox]], mais d'autres logiciels peuvent être utilisés.
+
+  La consigne de ce TD se trouve [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][ici]].
+
+
+* Local Variables                                                  :noexport:
+  # Local Variables:
+  # org-link-file-path-type: relative
+  # eval: (auto-fill-mode)
+  # ispell-local-dictionary: "fr"
+  # End: