diff --git a/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf new file mode 100644 index 0000000..c3be2ef Binary files /dev/null and b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf differ diff --git a/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf new file mode 100644 index 0000000..32da832 Binary files /dev/null and b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf differ diff --git a/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf new file mode 100644 index 0000000..ab6b68d Binary files /dev/null and b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf differ diff --git a/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf new file mode 100644 index 0000000..4265250 Binary files /dev/null and b/content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf differ diff --git a/en/home.org b/en/home.org index 8ee2068..157e15c 100644 --- a/en/home.org +++ b/en/home.org @@ -64,7 +64,7 @@ Jump to: - [[file:latex-intro.org][introduction to LaTeX]] - [[file:os-ueve.org][operating systems]] - [[file:alife-intro.org][a very quick introduction to artificial life]] - - Petri nets for biomodelling + - [[file:pn-biomodelling.org][Petri nets for biomodelling]] - introduction to Cytoscape - To Git or Not to Git - Haskell for Life diff --git a/en/pn-biomodelling.org b/en/pn-biomodelling.org new file mode 100644 index 0000000..786e31f --- /dev/null +++ b/en/pn-biomodelling.org @@ -0,0 +1,77 @@ +#+TITLE: Petri Nets for Biomodelling: An Introduction + +#+LANGUAGE: en + +#+ATTR_HTML: :alt in French :class lang-lifted +[[file:../fr/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/fr.png]] + +#+ATTR_HTML: :alt return home :class home +[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]] + +The goal of this course is to introduce students to [[https://en.wikipedia.org/wiki/Petri_net][Petri nets]], +explore some of their properties, and show how Petri nets can be used +in biomodelling. After having taken this course, the students will be +able to build Petri net models of biological phenomena (including +using some extensions, like basic coloured Petri nets and inhibitors +arcs) and to relate the formal properties of these models to the +biological properties of the modelled phenomenon. + +This course does not require prior experience in theoretical computer +science or biology and is part of the course "Network medicine" taught +to students following the [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][GENIOMHE]] MSc. program at [[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université +d'Évry]]. + +The course consists of 4 sections, the first three focusing on Petri +nets and their properties and the last one being a practical +assignment. The sections are designed to reflect logical differences +in content and need not correspond to actual sessions. + +#+ATTR_HTML: :alt image of Creative Commons Attribution Alone licence :class ccby +[[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][file:../content/imgs/ccby.png]] + +The materials of this course are distributed under the [[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][Creative +Commons Attribution Alone licence]]. + + +* Definitions + This section starts by motivating the model of Petri nets and gives + the definition of the model and of the evolution modes. Particular + focus is on the synchronous and the asynchronous evolution + modes. The parallel with [[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiset][multiset]] rewriting is also shown. + + The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][here]]. + +* Extensions + This sections briefly points some limitations of the original Petri + net model and shows the classical extended variants, like coloured + tokens or inhibitor arcs. The cost of extensions is intuitively + evaluated with respect to decidability: more expressive variants are + often undecidable. + + The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][here]]. + +* Properties + In this section some of the fundamental structural and behavioural + properties of Petri nets are presented. Behavioural properties are + introduced before structural properties because the former are + easier to grasp. This section includes a number of exercises to be + done interactively with the students. Additional exercises may be + given on the whiteboard. + + The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf][here]]. + +* Case Studies + This section is a practical assignment in which the students should + use Petri nets to model and analyse two simplified biological + networks. [[http://projects.laas.fr/tina/][The TINA toolbox]] is the suggested tool for Petri net + analysis, even though other tools may also be used. + + The text of this assignment is [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][here]]. + + +* Local Variables :noexport: + # Local Variables: + # org-link-file-path-type: relative + # eval: (auto-fill-mode) + # ispell-local-dictionary: "en" + # End: diff --git a/fr/home.org b/fr/home.org index 5b39323..8ea9f0b 100644 --- a/fr/home.org +++ b/fr/home.org @@ -67,7 +67,7 @@ Liens rapides : - [[file:latex-intro.org][introduction à LaTeX]] - [[file:os-ueve.org][systèmes d'exploitation]] - [[file:alife-intro.org][une introduction très rapide à la vie artificielle]] - - réseaux de Petri pour la biomodélisation + - [[file:pn-biomodelling.org][réseaux de Petri pour la biomodélisation]] - introduction à Cytoscape - To Git or Not to Git - Haskell for Life diff --git a/fr/pn-biomodelling.org b/fr/pn-biomodelling.org new file mode 100644 index 0000000..b18bf5a --- /dev/null +++ b/fr/pn-biomodelling.org @@ -0,0 +1,81 @@ +#+TITLE: Introduction à la modélisation biologique avec les réseaux de Petri + +#+LANGUAGE: fr + +#+ATTR_HTML: :alt en anglais :class lang-lifted +[[file:../en/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/en.png]] + +#+ATTR_HTML: :alt return home :class home +[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]] + +Le but de ce cours est de familiariser les étudiants avec les [[https://fr.wikipedia.org/wiki/R%25C3%25A9seau_de_Petri][réseaux +de Petri]], d'étudier quelques-unes de leurs propriétés, ainsi que de +montrer les façons dont les réseaux de Petri peuvent être appliqués +dans le cadre de la modélisation biologique. À la fin de ce cours les +étudiants sauront modéliser des phénomènes biologiques avec les +réseaux de Petri (y compris les réseaux de Petri étendus, typiquement +les réseaux de Petri colorés ou avec des arcs inhibiteurs) et de +relier leurs propriétés formelles avec les propriétés biologiques du +système modélisé. + +Ce cours fait partie du cours « Network medicine » (« Médecine de +réseaux ») enseigné en [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][Master 2 GENIOMHE]] à l'[[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université d'Évry]]. Ce +cours n'exige pas d'expérience passée d'informatique théorique ou de +biologie. L'enseignement se fait en anglais. + +Le cours consiste en 4 parties, les 3 premières étudiant les réseaux +de Petri et leurs propriétés et la dernière étant un TD sur +machine. Les parties reflètent plutôt les modules logiques du contenu +enseigné et peuvent ne pas correspondre au déroulement des séances. + +#+ATTR_HTML: :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone :class ccby +[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]] + +Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative +Commons Paternité]]. + + +* Définitions + Cette partie donne la motivation pour l'introduction des réseaux de + Petri et définit formellement le modèle ainsi que ses modes + d'évolution (de dynamique), notamment les modes synchrone et + asynchrone. Le parallèle entre les réseaux de Petri et la réécriture + de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Multiensemble][multiensembles]] est mis en avant. + + Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]]. + +* Extensions + Cette partie indique quelques limitations de la version de base des + réseaux de Petri et introduit les extensions classiques, comme les + couleurs de jetons ou encore les arcs inhibiteurs. Le coût des + extensions est évalué de façon intuitive par rapport à la + décidabilité : les variantes plus expressives sont souvent + indécidables. + + Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]]. + +* Propriétés + Cette partie explore quelques propriétés comportementales et + structurelles fondamentales des réseaux de Petri. Les propriétés + comportementales sont abordées en premier puisqu'elles sont plus + faciles à comprendre. Cette partie inclut quelques exercices qui + devraient être résolus de façon interactive. Des exercices + supplémentaires peuvent être donnés au tableau. + + Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][ici]]. + +* Études de cas + Cette partie est un TD dans lequel les étudiants sont invités à + utiliser les réseaux de Petri afin de modéliser et analyser deux + réseaux biologiques simplifiés. L'outil logiciel proposé est le [[http://projects.laas.fr/tina/][TINA + toolbox]], mais d'autres logiciels peuvent être utilisés. + + La consigne de ce TD se trouve [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][ici]]. + + +* Local Variables :noexport: + # Local Variables: + # org-link-file-path-type: relative + # eval: (auto-fill-mode) + # ispell-local-dictionary: "fr" + # End: