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content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf
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content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf
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@ -64,7 +64,7 @@ Jump to:
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- [[file:latex-intro.org][introduction to LaTeX]]
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- [[file:os-ueve.org][operating systems]]
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- [[file:alife-intro.org][a very quick introduction to artificial life]]
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- Petri nets for biomodelling
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- [[file:pn-biomodelling.org][Petri nets for biomodelling]]
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- introduction to Cytoscape
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- To Git or Not to Git
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- Haskell for Life
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en/pn-biomodelling.org
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77
en/pn-biomodelling.org
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@ -0,0 +1,77 @@
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#+TITLE: Petri Nets for Biomodelling: An Introduction
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#+LANGUAGE: en
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#+ATTR_HTML: :alt in French :class lang-lifted
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[[file:../fr/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/fr.png]]
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#+ATTR_HTML: :alt return home :class home
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[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
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The goal of this course is to introduce students to [[https://en.wikipedia.org/wiki/Petri_net][Petri nets]],
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explore some of their properties, and show how Petri nets can be used
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in biomodelling. After having taken this course, the students will be
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able to build Petri net models of biological phenomena (including
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using some extensions, like basic coloured Petri nets and inhibitors
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arcs) and to relate the formal properties of these models to the
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biological properties of the modelled phenomenon.
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This course does not require prior experience in theoretical computer
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science or biology and is part of the course "Network medicine" taught
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to students following the [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][GENIOMHE]] MSc. program at [[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université
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d'Évry]].
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The course consists of 4 sections, the first three focusing on Petri
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nets and their properties and the last one being a practical
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assignment. The sections are designed to reflect logical differences
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in content and need not correspond to actual sessions.
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#+ATTR_HTML: :alt image of Creative Commons Attribution Alone licence :class ccby
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[[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][file:../content/imgs/ccby.png]]
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The materials of this course are distributed under the [[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][Creative
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Commons Attribution Alone licence]].
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* Definitions
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This section starts by motivating the model of Petri nets and gives
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the definition of the model and of the evolution modes. Particular
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focus is on the synchronous and the asynchronous evolution
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modes. The parallel with [[https://en.wikipedia.org/wiki/Multiset][multiset]] rewriting is also shown.
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The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][here]].
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* Extensions
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This sections briefly points some limitations of the original Petri
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net model and shows the classical extended variants, like coloured
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tokens or inhibitor arcs. The cost of extensions is intuitively
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evaluated with respect to decidability: more expressive variants are
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often undecidable.
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The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][here]].
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* Properties
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In this section some of the fundamental structural and behavioural
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properties of Petri nets are presented. Behavioural properties are
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introduced before structural properties because the former are
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easier to grasp. This section includes a number of exercises to be
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done interactively with the students. Additional exercises may be
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given on the whiteboard.
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The slides for this section are available [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-6.pdf][here]].
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* Case Studies
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This section is a practical assignment in which the students should
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use Petri nets to model and analyse two simplified biological
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networks. [[http://projects.laas.fr/tina/][The TINA toolbox]] is the suggested tool for Petri net
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analysis, even though other tools may also be used.
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The text of this assignment is [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][here]].
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* Local Variables :noexport:
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# Local Variables:
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# org-link-file-path-type: relative
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# eval: (auto-fill-mode)
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# ispell-local-dictionary: "en"
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# End:
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@ -67,7 +67,7 @@ Liens rapides :
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- [[file:latex-intro.org][introduction à LaTeX]]
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- [[file:os-ueve.org][systèmes d'exploitation]]
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- [[file:alife-intro.org][une introduction très rapide à la vie artificielle]]
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||||
- réseaux de Petri pour la biomodélisation
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- [[file:pn-biomodelling.org][réseaux de Petri pour la biomodélisation]]
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- introduction à Cytoscape
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- To Git or Not to Git
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||||
- Haskell for Life
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fr/pn-biomodelling.org
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fr/pn-biomodelling.org
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#+TITLE: Introduction à la modélisation biologique avec les réseaux de Petri
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#+LANGUAGE: fr
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#+ATTR_HTML: :alt en anglais :class lang-lifted
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[[file:../en/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/en.png]]
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#+ATTR_HTML: :alt return home :class home
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[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
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Le but de ce cours est de familiariser les étudiants avec les [[https://fr.wikipedia.org/wiki/R%25C3%25A9seau_de_Petri][réseaux
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de Petri]], d'étudier quelques-unes de leurs propriétés, ainsi que de
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montrer les façons dont les réseaux de Petri peuvent être appliqués
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dans le cadre de la modélisation biologique. À la fin de ce cours les
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étudiants sauront modéliser des phénomènes biologiques avec les
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réseaux de Petri (y compris les réseaux de Petri étendus, typiquement
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les réseaux de Petri colorés ou avec des arcs inhibiteurs) et de
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relier leurs propriétés formelles avec les propriétés biologiques du
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système modélisé.
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Ce cours fait partie du cours « Network medicine » (« Médecine de
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réseaux ») enseigné en [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][Master 2 GENIOMHE]] à l'[[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université d'Évry]]. Ce
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cours n'exige pas d'expérience passée d'informatique théorique ou de
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biologie. L'enseignement se fait en anglais.
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Le cours consiste en 4 parties, les 3 premières étudiant les réseaux
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de Petri et leurs propriétés et la dernière étant un TD sur
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machine. Les parties reflètent plutôt les modules logiques du contenu
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enseigné et peuvent ne pas correspondre au déroulement des séances.
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#+ATTR_HTML: :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone :class ccby
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[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]]
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||||
Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative
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Commons Paternité]].
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* Définitions
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Cette partie donne la motivation pour l'introduction des réseaux de
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Petri et définit formellement le modèle ainsi que ses modes
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d'évolution (de dynamique), notamment les modes synchrone et
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asynchrone. Le parallèle entre les réseaux de Petri et la réécriture
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de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Multiensemble][multiensembles]] est mis en avant.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
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* Extensions
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Cette partie indique quelques limitations de la version de base des
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réseaux de Petri et introduit les extensions classiques, comme les
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couleurs de jetons ou encore les arcs inhibiteurs. Le coût des
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extensions est évalué de façon intuitive par rapport à la
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décidabilité : les variantes plus expressives sont souvent
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indécidables.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
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* Propriétés
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Cette partie explore quelques propriétés comportementales et
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structurelles fondamentales des réseaux de Petri. Les propriétés
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comportementales sont abordées en premier puisqu'elles sont plus
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faciles à comprendre. Cette partie inclut quelques exercices qui
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devraient être résolus de façon interactive. Des exercices
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supplémentaires peuvent être donnés au tableau.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][ici]].
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* Études de cas
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Cette partie est un TD dans lequel les étudiants sont invités à
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utiliser les réseaux de Petri afin de modéliser et analyser deux
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réseaux biologiques simplifiés. L'outil logiciel proposé est le [[http://projects.laas.fr/tina/][TINA
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toolbox]], mais d'autres logiciels peuvent être utilisés.
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La consigne de ce TD se trouve [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][ici]].
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* Local Variables :noexport:
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# Local Variables:
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# org-link-file-path-type: relative
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# eval: (auto-fill-mode)
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# ispell-local-dictionary: "fr"
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# End:
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