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2018-09-22 21:18:10 +02:00
#+TITLE: Introduction à la modélisation biologique avec les réseaux de Petri
#+LANGUAGE: fr
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[[file:../en/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/en.png]]
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2018-09-22 21:18:10 +02:00
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Le but de ce cours est de familiariser les étudiants avec les [[https://fr.wikipedia.org/wiki/R%25C3%25A9seau_de_Petri][réseaux
de Petri]], d'étudier quelques-unes de leurs propriétés, ainsi que de
montrer les façons dont les réseaux de Petri peuvent être appliqués
dans le cadre de la modélisation biologique. À la fin de ce cours les
étudiants sauront modéliser des phénomènes biologiques avec les
réseaux de Petri (y compris les réseaux de Petri étendus, typiquement
les réseaux de Petri colorés ou avec des arcs inhibiteurs) et de
relier leurs propriétés formelles avec les propriétés biologiques du
système modélisé.
Ce cours fait partie du cours « Network medicine » (« Médecine de
réseaux ») enseigné en [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][Master 2 GENIOMHE]] à l'[[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université d'Évry]]. Ce
cours n'exige pas d'expérience passée d'informatique théorique ou de
biologie. L'enseignement se fait en anglais.
Le cours consiste en 4 parties, les 3 premières étudiant les réseaux
de Petri et leurs propriétés et la dernière étant un TD sur
machine. Les parties reflètent plutôt les modules logiques du contenu
enseigné et peuvent ne pas correspondre au déroulement des séances.
#+ATTR_HTML: :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone :class ccby
[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]]
Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative
Commons Paternité]].
* Définitions
Cette partie donne la motivation pour l'introduction des réseaux de
Petri et définit formellement le modèle ainsi que ses modes
d'évolution (de dynamique), notamment les modes synchrone et
asynchrone. Le parallèle entre les réseaux de Petri et la réécriture
de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Multiensemble][multiensembles]] est mis en avant.
Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
* Extensions
Cette partie indique quelques limitations de la version de base des
réseaux de Petri et introduit les extensions classiques, comme les
couleurs de jetons ou encore les arcs inhibiteurs. Le coût des
extensions est évalué de façon intuitive par rapport à la
décidabilité : les variantes plus expressives sont souvent
indécidables.
Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
* Propriétés
Cette partie explore quelques propriétés comportementales et
structurelles fondamentales des réseaux de Petri. Les propriétés
comportementales sont abordées en premier puisqu'elles sont plus
faciles à comprendre. Cette partie inclut quelques exercices qui
devraient être résolus de façon interactive. Des exercices
supplémentaires peuvent être donnés au tableau.
Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][ici]].
* Études de cas
Cette partie est un TD dans lequel les étudiants sont invités à
utiliser les réseaux de Petri afin de modéliser et analyser deux
réseaux biologiques simplifiés. L'outil logiciel proposé est le [[http://projects.laas.fr/tina/][TINA
toolbox]], mais d'autres logiciels peuvent être utilisés.
La consigne de ce TD se trouve [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][ici]].
* Local Variables :noexport:
# Local Variables:
# org-link-file-path-type: relative
# eval: (auto-fill-mode)
# ispell-local-dictionary: "fr"
# End: