Add the subsection on my work with Franck.

bib/evry.bib

@@ -57,3 +57,58 @@ HAL_VERSION = {v1},
   HAL_ID = {hal-01326782},
   HAL_VERSION = {v1},
 }
+
+@inproceedings{BianeD17,
+  author    = {C{\'{e}}lia Biane and
+               Franck Delaplace},
+  editor    = {J{\'{e}}r{\^{o}}me Feret and
+               Heinz Koeppl},
+  title     = {Abduction Based Drug Target Discovery Using Boolean Control Network},
+  booktitle = {Computational Methods in Systems Biology - 15th International Conference,
+               {CMSB} 2017, Darmstadt, Germany, September 27-29, 2017, Proceedings},
+  series    = {Lecture Notes in Computer Science},
+  volume    = {10545},
+  pages     = {57--73},
+  publisher = {Springer},
+  year      = {2017},
+  url       = {https://doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_4},
+  doi       = {10.1007/978-3-319-67471-1_4},
+  timestamp = {Mon, 18 Sep 2017 13:34:03 +0200},
+  biburl    = {https://dblp.org/rec/bib/conf/cmsb/BianeD17},
+  bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org}
+}
+
+@article{BianeDK16,
+  author    = {C{\'{e}}lia Biane and
+               Franck Delaplace and
+               Hanna Klaudel},
+  title     = {Networks and games for precision medicine},
+  journal   = {Biosystems},
+  volume    = {150},
+  pages     = {52--60},
+  year      = {2016},
+  url       = {https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2016.08.006},
+  doi       = {10.1016/j.biosystems.2016.08.006},
+  timestamp = {Wed, 17 May 2017 14:25:54 +0200},
+  biburl    = {https://dblp.org/rec/bib/journals/biosystems/BianeDK16},
+  bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org}
+}
+
+@inproceedings{mandon2017,
+  TITLE = {{Temporal Reprogramming of Boolean Networks}},
+  AUTHOR = {Mandon, Hugues and Haar, Stefan and Paulev{\'e}, Lo{\"i}c},
+  URL = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01589251},
+  BOOKTITLE = {{CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology}},
+  ADDRESS = {Darmstadt, Germany},
+  EDITOR = {J{\'e}r{\^o}me Feret and Heinz Koeppl},
+  PUBLISHER = {{Springer International Publishing}},
+  SERIES = {Lecture Notes in Computer Science},
+  VOLUME = {10545},
+  PAGES = {179 - 195},
+  YEAR = {2017},
+  MONTH = Sep,
+  DOI = {10.1007/978-3-319-67471-1\_11},
+  PDF = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01589251/file/cmsb17.pdf},
+  HAL_ID = {hal-01589251},
+  HAL_VERSION = {v1},
+}

recherche.tex

@@ -558,6 +558,66 @@ forcement de l'expertise en programmation objet ou en C++ : nous
 accompagnons les nouveaux utilisateurs et, à terme, nous mettrons en
 œuvre un système graphique de conceptions de modèles.
 
+
+\subsection{Travaux au laboratoire IBISC}
+
+Avec mon intégration au sein de l'équipe COSMO du laboratoire IBISC,
+ma recherche a connu une plus grande ouverture sur l'étude des
+systèmes complexes, notamment dans le contexte de la médecine de
+précision. Cette ouverture correspond à la vision que j'avais au
+démarrage de mes travaux de thèse et suit naturellement aux travaux
+formels que j'ai réalisés.
+
+\subsubsection{Réseaux de Petri pour la médecine de précision}
+La {\em médecine personnalisée} est un domaine scientifique émergeant
+ayant pour objet de définir de nouveaux paradigmes en {\em médecine}
+afin de {\em personnaliser} le traitement au
+patient~\cite{BianeD17,BianeDK16,Caraguel2016}. Elle fonde cet
+objectif dans l'analyse des données omiques (génomiques,
+intéractomiques, etc.) dans la perspective d'étudier les pathologies à
+l'échelle moléculaire. L'un des enjeux majeur dans ce domaine est
+d'assister à la prise de décision clinique afin de guider le suivi
+thérapeutique.
+
+La médecine des réseaux cherche à atteindre les objectifs de la
+médecine personnalisée en intégrant les données disponibles pour un
+patient dans des modèles formels de systèmes dynamiques à base de
+graphes~\cite{BianeD17,BianeDK16}. L'un de ces modèles sont les
+réseaux booléens : des ensembles de fonctions booléennes agissant sur
+un ensemble fini de variables booléennes. Ces réseaux commencent leur
+évolution à partir d'un état initial et ensuite mettent à jour les
+valeurs de certaines des variables selon les valeurs des fonctions
+booléennes associées. Souvent, une seule variable est modifiée à la
+fois (mode de mise à jour asynchrone), ce qui correspond bien aux
+dynamiques observées des réseaux biologiques.
+
+Les réseaux booléens pouvant représenter assez naturellement divers
+réseaux biologiques, et particulièrement les réseaux de signalisation,
+l'étude des propriétés dynamiques de ce modèle permet de faire des
+conclusions non triviales sur les propriétés du système biologique
+représenté. Notamment, l'étude~\cite{BianeD17} montre une application
+de cette approche à l'inférence des causes du cancer du sein. Plus
+concrètement, des réseaux booléens avec des variables de contrôle sont
+introduits ; la thérapie devient alors une modification des ces
+variables de contrôle qui dévie les trajectoires du réseau booléen
+vers les états stables désirés (sains).
+
+Au sein de l'équipe COSMO, je me penche davantage sur les extensions
+possibles de ces techniques. En effet, dans~\cite{BianeD17}, les
+valeurs des variables de contrôle sont fixées une fois : au début de
+l'évolution du réseau. Or, des thérapies séquentielles semblent être
+plus efficaces, car celles-ci permettent de piloter plus finement les
+trajectoires du réseau contrôlé (par
+exemple,~\cite{mandon2017}). Actuellement, nous nous penchons sur le
+problème de définition de contrôle séquentiel d'un réseau, tout en
+gardant des temps raisonnables d'analyse par ordinateur. Nous
+étudierons par ailleurs les outils formels et logiciels autour des
+réseaux de Petri et leurs dépliages.
+
+
+\subsubsection{Méthodes formelles pour le véhicule autonome}
+
+
 \subsection{Projets de programmation}
 Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs
 projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de