diff --git a/bib/evry.bib b/bib/evry.bib index 50e0d9b..6b9adf1 100644 --- a/bib/evry.bib +++ b/bib/evry.bib @@ -57,3 +57,58 @@ HAL_VERSION = {v1}, HAL_ID = {hal-01326782}, HAL_VERSION = {v1}, } + +@inproceedings{BianeD17, + author = {C{\'{e}}lia Biane and + Franck Delaplace}, + editor = {J{\'{e}}r{\^{o}}me Feret and + Heinz Koeppl}, + title = {Abduction Based Drug Target Discovery Using Boolean Control Network}, + booktitle = {Computational Methods in Systems Biology - 15th International Conference, + {CMSB} 2017, Darmstadt, Germany, September 27-29, 2017, Proceedings}, + series = {Lecture Notes in Computer Science}, + volume = {10545}, + pages = {57--73}, + publisher = {Springer}, + year = {2017}, + url = {https://doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_4}, + doi = {10.1007/978-3-319-67471-1_4}, + timestamp = {Mon, 18 Sep 2017 13:34:03 +0200}, + biburl = {https://dblp.org/rec/bib/conf/cmsb/BianeD17}, + bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org} +} + +@article{BianeDK16, + author = {C{\'{e}}lia Biane and + Franck Delaplace and + Hanna Klaudel}, + title = {Networks and games for precision medicine}, + journal = {Biosystems}, + volume = {150}, + pages = {52--60}, + year = {2016}, + url = {https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2016.08.006}, + doi = {10.1016/j.biosystems.2016.08.006}, + timestamp = {Wed, 17 May 2017 14:25:54 +0200}, + biburl = {https://dblp.org/rec/bib/journals/biosystems/BianeDK16}, + bibsource = {dblp computer science bibliography, https://dblp.org} +} + +@inproceedings{mandon2017, + TITLE = {{Temporal Reprogramming of Boolean Networks}}, + AUTHOR = {Mandon, Hugues and Haar, Stefan and Paulev{\'e}, Lo{\"i}c}, + URL = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01589251}, + BOOKTITLE = {{CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology}}, + ADDRESS = {Darmstadt, Germany}, + EDITOR = {J{\'e}r{\^o}me Feret and Heinz Koeppl}, + PUBLISHER = {{Springer International Publishing}}, + SERIES = {Lecture Notes in Computer Science}, + VOLUME = {10545}, + PAGES = {179 - 195}, + YEAR = {2017}, + MONTH = Sep, + DOI = {10.1007/978-3-319-67471-1\_11}, + PDF = {https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01589251/file/cmsb17.pdf}, + HAL_ID = {hal-01589251}, + HAL_VERSION = {v1}, +} diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index 2137375..f196e74 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -558,6 +558,66 @@ forcement de l'expertise en programmation objet ou en C++ : nous accompagnons les nouveaux utilisateurs et, à terme, nous mettrons en œuvre un système graphique de conceptions de modèles. + +\subsection{Travaux au laboratoire IBISC} + +Avec mon intégration au sein de l'équipe COSMO du laboratoire IBISC, +ma recherche a connu une plus grande ouverture sur l'étude des +systèmes complexes, notamment dans le contexte de la médecine de +précision. Cette ouverture correspond à la vision que j'avais au +démarrage de mes travaux de thèse et suit naturellement aux travaux +formels que j'ai réalisés. + +\subsubsection{Réseaux de Petri pour la médecine de précision} +La {\em médecine personnalisée} est un domaine scientifique émergeant +ayant pour objet de définir de nouveaux paradigmes en {\em médecine} +afin de {\em personnaliser} le traitement au +patient~\cite{BianeD17,BianeDK16,Caraguel2016}. Elle fonde cet +objectif dans l'analyse des données omiques (génomiques, +intéractomiques, etc.) dans la perspective d'étudier les pathologies à +l'échelle moléculaire. L'un des enjeux majeur dans ce domaine est +d'assister à la prise de décision clinique afin de guider le suivi +thérapeutique. + +La médecine des réseaux cherche à atteindre les objectifs de la +médecine personnalisée en intégrant les données disponibles pour un +patient dans des modèles formels de systèmes dynamiques à base de +graphes~\cite{BianeD17,BianeDK16}. L'un de ces modèles sont les +réseaux booléens : des ensembles de fonctions booléennes agissant sur +un ensemble fini de variables booléennes. Ces réseaux commencent leur +évolution à partir d'un état initial et ensuite mettent à jour les +valeurs de certaines des variables selon les valeurs des fonctions +booléennes associées. Souvent, une seule variable est modifiée à la +fois (mode de mise à jour asynchrone), ce qui correspond bien aux +dynamiques observées des réseaux biologiques. + +Les réseaux booléens pouvant représenter assez naturellement divers +réseaux biologiques, et particulièrement les réseaux de signalisation, +l'étude des propriétés dynamiques de ce modèle permet de faire des +conclusions non triviales sur les propriétés du système biologique +représenté. Notamment, l'étude~\cite{BianeD17} montre une application +de cette approche à l'inférence des causes du cancer du sein. Plus +concrètement, des réseaux booléens avec des variables de contrôle sont +introduits ; la thérapie devient alors une modification des ces +variables de contrôle qui dévie les trajectoires du réseau booléen +vers les états stables désirés (sains). + +Au sein de l'équipe COSMO, je me penche davantage sur les extensions +possibles de ces techniques. En effet, dans~\cite{BianeD17}, les +valeurs des variables de contrôle sont fixées une fois : au début de +l'évolution du réseau. Or, des thérapies séquentielles semblent être +plus efficaces, car celles-ci permettent de piloter plus finement les +trajectoires du réseau contrôlé (par +exemple,~\cite{mandon2017}). Actuellement, nous nous penchons sur le +problème de définition de contrôle séquentiel d'un réseau, tout en +gardant des temps raisonnables d'analyse par ordinateur. Nous +étudierons par ailleurs les outils formels et logiciels autour des +réseaux de Petri et leurs dépliages. + + +\subsubsection{Méthodes formelles pour le véhicule autonome} + + \subsection{Projets de programmation} Lors de mon parcours, j'ai réalisé plusieurs projets de programmation aussi bien accessoires à mon activité de