recherche.tex: Fixes.

candidature.tex

@@ -32,6 +32,8 @@
 
 \input{titre.tex}
 
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 \cleardoublepage
 
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-\input{publications.tex}
+%\input{publications.tex}
 
 \end{document}
 

recherche.tex

@@ -96,7 +96,7 @@ Dans le cadre de ma thèse nous nous sommes intéressés tout d'abord à
 des systèmes d'insertion/ef\-face\-ment de taille $(1,m,0; 1,q,0)$,
 c'est-à-dire aux systèmes dans lesquels toutes les règles n'ont pas de
 contexte à droite et insèrent ou suppriment un caractère. Nous avons
-montré que ces systèmes engendrent tous les langages rationnels, et
+montré que ces systèmes engendrent tous les langages rationnels et
 même certains langages algébriques. D'un autre côté, nous avons prouvé
 que pour tout système de taille $(1,m,0;1,q,0)$ avec $m\geq 2$ ou
 $q\geq 2$ il existe un système de taille $(1,2,0; 1,1,0)$ et un autre
@@ -166,7 +166,7 @@ l'incrément d'un registre, le décrément d'un registre et le teste si
 un registre est vide. Les machines à registres sont ainsi
 très proches de l'organisation des ordinateurs digitaux habituels.
 
-Il a été montré que les machines à registres sont Turing complets, et
+Il a été montré que les machines à registres sont Turing complets et
 qu'en plus n'importe quelle fonction calculable sur les entiers non
 négatifs peut être calculée par une machine à deux registres si les
 entrées de la fonction sont déjà encodées, ou à trois registres si la
@@ -216,11 +216,11 @@ Il a été montré que savoir si un marquage peut être atteint par un
 réseau de Petri donné est décidable~\cite{Mayr:1981}. La même
 affirmation est donc valable dans le cas des systèmes de réécriture de
 multiensembles simples. Plusieurs variations ont été proposées afin
-d'étendre le pouvoir d'expression de ces modèles, dont l'idée des
+d'étendre la puissance d'expression de ces modèles, dont l'idée des
 inhibiteurs. Dans les réseaux de Petri, un arc inhibiteur entre une
 place et une transition empêche celle-ci de se déclencher si la place
 n'est pas vide. De la même manière, on peut munir une règle de
-réécriture de multiensembles avec une collection de symboles qui ne
+réécriture de multiensembles d'une collection de symboles qui ne
 doivent pas être présents pour que la règle soit applicable. Il a été
 prouvé que les réseaux de Petri avec des arcs inhibiteurs et les
 systèmes de réécriture de multiensembles avec des inhibiteurs sont
@@ -250,7 +250,7 @@ pour ceux-ci.
 
 Les résultats de ma thèse portant sur les réseaux de Petri universels
 ont été publiés
-dans~\cite{DBLP:conf/dcfs/0001PV14,DBLP:journals/corr/IvanovPV13}.
+dans~\cite{DBLP:conf/dcfs/0001PV14,DBLP:journals/corr/IvanovPV13,DBLP:journals/jalc/Alhazov0PV16}.
 
 \subsection{Travaux hors thèse}
 Avant le début de ma thèse et pendant mon doctorat j'ai travaillé sur
@@ -272,14 +272,14 @@ qui s'est inspiré de la nature et du fonctionnement de la cellule
 vivante~\cite{Paun98computingwith,paun2002membrane,Paun:2010:OHM:1738939}. Un
 système à membranes est un ensemble de compartiments imbriqués les uns
 dans les autres et délimités par des membranes ; une membrane contient
-un multiensemble d'objets, chacun desquels représente une molécule
+un multiensemble d'objets dont chacun représente une molécule
 biochimique. Les interactions entre les molécules sont modélisées par
-l'action des règles de réécriture de multiensembles.  Même si les
+l'action des règles de réécriture de multiensembles.  Les
 systèmes à membranes sont essentiellement des systèmes de réécriture
-parallèle de multiensembles~\cite{FLGPVZ2014}, ils représentent la
-cellule vivante de façon naturelle ce qui donne un outil clair et
+parallèle de multiensembles~\cite{FLGPVZ2014} ; ils représentent la
+cellule vivante de façon naturelle, constituant ainsi un outil clair et
 puissant pour la modélisation des processus biologiques et plus
-généralement des systèmes dynamiques complexes.
+généralement de systèmes dynamiques complexes.
 
 Les thématiques que j'ai abordées dans ma recherche sur des systèmes à
 membranes se divisent principalement en trois groupes :
@@ -288,7 +288,7 @@ membranes se divisent principalement en trois groupes :
   des systèmes à membranes,
 \item développement des algorithmes distribués qui peuvent être
   ensuite implémentés dans des systèmes biologiques,
-\item étude de la puissance de calcul des différentes variantes
+\item étude de la puissance de calcul de différentes variantes
   étendues du modèle de base.
 \end{itemize}
 
@@ -305,13 +305,13 @@ moins performant, implémenté en Haskell.
 
 En ce qui concerne le développement des algorithmes distribués, je me
 suis tout d'abord focalisé sur les modèles de systèmes à membranes
-sans horloge ({\em clock-free membrane systems}), dans lesquels chaque
-application d'une règle peut durer un temps réel arbitraire. L'absence
+sans horloge ({\em clock-free membrane systems}), dans lesquels une
+application de règle peut durer un temps réel arbitraire. L'absence
 de l'horloge globale rapproche le modèle des systèmes parallèles
 composés d'un certain nombre de processus qui interagissent. Dans mon
 travail, j'ai exprimé les mécanismes de synchronisation en termes de
 règles de réécriture de multiensembles et j'ai montré comment ces
-mécanismes pouvaient être utilisés pour la résolution de problèmes de
+mécanismes pouvaient être utilisés pour la résolution de quelques problèmes de
 concurrence classiques.
 Les résultats concernant les systèmes à membranes sans horloge ont été
 publiés
@@ -331,7 +331,7 @@ arrière a souvent tendance à explorer moins de possibilités et est
 préféré dans les cas d'utilisation pratiques. Il est remarquable que
 les implications logiques se prêtent à une représentation naturelle en
 termes de règles de réécriture de multiensembles ; or c'est de cette
-similarité que nos constructions profitent. De plus nos
+similarité que nos constructions profitent. De plus, nos
 implémentations bénéficient du parallélisme intrinsèque aux systèmes à
 membranes.
 Ce résultat a été publié dans~\cite{DBLP:journals/ijncr/IvanovARG11}.
@@ -339,9 +339,9 @@ Ce résultat a été publié dans~\cite{DBLP:journals/ijncr/IvanovARG11}.
 Concernant les variations du modèle de base, nous avons proposé une
 extension assez naturelle qui permet aux systèmes à membranes de se
 modifier eux-mêmes. Dans le cadre de ce genre de système, les règles
-de réécriture sont données par le contenu de certaines pairs de
+de réécriture sont données par le contenu de certaines paires de
 membranes. Il est ainsi possible de modifier les règles au cours de
-l'évolution du système en rajoutant ou en supprimant des objets des
+l'évolution du système en rajoutant ou en supprimant des objets dans les
 membranes qui définissent ces règles. Nous avons donné à ces systèmes
 l'appellation de systèmes polymorphes ({\em polymorphic membrane
   systems}) et nous avons montré que le polymorphisme permettait de
@@ -367,7 +367,7 @@ non permanence : une ressource qui ne participe pas à une interaction
 disparaît du système. Le deuxième principe est que si une ressource
 est présente dans le système, alors elle y est en quantité
 illimitée. Cela fait des systèmes à réactions un modèle intrinsèquement
-qualitatif qui manipule des ensembles des symboles.
+qualitatif qui manipule des ensembles de symboles.
 
 Les interactions entre les symboles dans les systèmes à réactions sont
 régies par les réactions. Une réaction contient trois ensembles: les
@@ -380,7 +380,7 @@ d'application concomitante de plusieurs réactions est l'union de leurs
 produits.
 
 Les systèmes à réactions étant un modèle de calcul assez particulier,
-beaucoup de chercheurs se sont intéressés à ses propriétés
+beaucoup de chercheurs se sont intéressés à leurs propriétés
 formelles. Dans notre travail nous sommes revenus à la motivation
 d'origine et nous nous sommes proposé d'utiliser les systèmes à
 réactions pour modéliser les voies métaboliques d'une cellule. Une
@@ -422,7 +422,7 @@ endroit vide dans le tableau d'origine.
 
 Ma contribution à l'étude des grammaires de tableaux a consisté à
 fournir une construction qui a permis de prouver la complétude
-computationnelle d'une variante restreinte de ce modèle. Nous nous
+computationnelle d'une variante restreinte de ce modèle~\cite{DBLP:conf/uc/FernauFISS13}. Nous nous
 sommes également intéressés à la combinaison de réécriture de tableaux
 avec les structures à membranes ; nous avons montré que ce genre de
 systèmes atteignent la complétude computationnelle avec des règles