From 8cd5a2e9218d6e9fe3f3ddc4ed059354316c6df0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Sergiu Ivanov Date: Thu, 2 Mar 2017 12:44:25 +0100 Subject: [PATCH] recherche.tex: Fixes. --- candidature.tex | 6 +++++- recherche.tex | 40 ++++++++++++++++++++-------------------- 2 files changed, 25 insertions(+), 21 deletions(-) diff --git a/candidature.tex b/candidature.tex index 9773621..7e96235 100644 --- a/candidature.tex +++ b/candidature.tex @@ -32,6 +32,8 @@ \input{titre.tex} +\if0 + \cleardoublepage \input{motivation.tex} @@ -48,11 +50,13 @@ \clearpage +\fi + \input{recherche.tex} \clearpage -\input{publications.tex} +%\input{publications.tex} \end{document} diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index b34a74d..c71a9ad 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -96,7 +96,7 @@ Dans le cadre de ma thèse nous nous sommes intéressés tout d'abord à des systèmes d'insertion/ef\-face\-ment de taille $(1,m,0; 1,q,0)$, c'est-à-dire aux systèmes dans lesquels toutes les règles n'ont pas de contexte à droite et insèrent ou suppriment un caractère. Nous avons -montré que ces systèmes engendrent tous les langages rationnels, et +montré que ces systèmes engendrent tous les langages rationnels et même certains langages algébriques. D'un autre côté, nous avons prouvé que pour tout système de taille $(1,m,0;1,q,0)$ avec $m\geq 2$ ou $q\geq 2$ il existe un système de taille $(1,2,0; 1,1,0)$ et un autre @@ -166,7 +166,7 @@ l'incrément d'un registre, le décrément d'un registre et le teste si un registre est vide. Les machines à registres sont ainsi très proches de l'organisation des ordinateurs digitaux habituels. -Il a été montré que les machines à registres sont Turing complets, et +Il a été montré que les machines à registres sont Turing complets et qu'en plus n'importe quelle fonction calculable sur les entiers non négatifs peut être calculée par une machine à deux registres si les entrées de la fonction sont déjà encodées, ou à trois registres si la @@ -216,11 +216,11 @@ Il a été montré que savoir si un marquage peut être atteint par un réseau de Petri donné est décidable~\cite{Mayr:1981}. La même affirmation est donc valable dans le cas des systèmes de réécriture de multiensembles simples. Plusieurs variations ont été proposées afin -d'étendre le pouvoir d'expression de ces modèles, dont l'idée des +d'étendre la puissance d'expression de ces modèles, dont l'idée des inhibiteurs. Dans les réseaux de Petri, un arc inhibiteur entre une place et une transition empêche celle-ci de se déclencher si la place n'est pas vide. De la même manière, on peut munir une règle de -réécriture de multiensembles avec une collection de symboles qui ne +réécriture de multiensembles d'une collection de symboles qui ne doivent pas être présents pour que la règle soit applicable. Il a été prouvé que les réseaux de Petri avec des arcs inhibiteurs et les systèmes de réécriture de multiensembles avec des inhibiteurs sont @@ -250,7 +250,7 @@ pour ceux-ci. Les résultats de ma thèse portant sur les réseaux de Petri universels ont été publiés -dans~\cite{DBLP:conf/dcfs/0001PV14,DBLP:journals/corr/IvanovPV13}. +dans~\cite{DBLP:conf/dcfs/0001PV14,DBLP:journals/corr/IvanovPV13,DBLP:journals/jalc/Alhazov0PV16}. \subsection{Travaux hors thèse} Avant le début de ma thèse et pendant mon doctorat j'ai travaillé sur @@ -272,14 +272,14 @@ qui s'est inspiré de la nature et du fonctionnement de la cellule vivante~\cite{Paun98computingwith,paun2002membrane,Paun:2010:OHM:1738939}. Un système à membranes est un ensemble de compartiments imbriqués les uns dans les autres et délimités par des membranes ; une membrane contient -un multiensemble d'objets, chacun desquels représente une molécule +un multiensemble d'objets dont chacun représente une molécule biochimique. Les interactions entre les molécules sont modélisées par -l'action des règles de réécriture de multiensembles. Même si les +l'action des règles de réécriture de multiensembles. Les systèmes à membranes sont essentiellement des systèmes de réécriture -parallèle de multiensembles~\cite{FLGPVZ2014}, ils représentent la -cellule vivante de façon naturelle ce qui donne un outil clair et +parallèle de multiensembles~\cite{FLGPVZ2014} ; ils représentent la +cellule vivante de façon naturelle, constituant ainsi un outil clair et puissant pour la modélisation des processus biologiques et plus -généralement des systèmes dynamiques complexes. +généralement de systèmes dynamiques complexes. Les thématiques que j'ai abordées dans ma recherche sur des systèmes à membranes se divisent principalement en trois groupes : @@ -288,7 +288,7 @@ membranes se divisent principalement en trois groupes : des systèmes à membranes, \item développement des algorithmes distribués qui peuvent être ensuite implémentés dans des systèmes biologiques, -\item étude de la puissance de calcul des différentes variantes +\item étude de la puissance de calcul de différentes variantes étendues du modèle de base. \end{itemize} @@ -305,13 +305,13 @@ moins performant, implémenté en Haskell. En ce qui concerne le développement des algorithmes distribués, je me suis tout d'abord focalisé sur les modèles de systèmes à membranes -sans horloge ({\em clock-free membrane systems}), dans lesquels chaque -application d'une règle peut durer un temps réel arbitraire. L'absence +sans horloge ({\em clock-free membrane systems}), dans lesquels une +application de règle peut durer un temps réel arbitraire. L'absence de l'horloge globale rapproche le modèle des systèmes parallèles composés d'un certain nombre de processus qui interagissent. Dans mon travail, j'ai exprimé les mécanismes de synchronisation en termes de règles de réécriture de multiensembles et j'ai montré comment ces -mécanismes pouvaient être utilisés pour la résolution de problèmes de +mécanismes pouvaient être utilisés pour la résolution de quelques problèmes de concurrence classiques. Les résultats concernant les systèmes à membranes sans horloge ont été publiés @@ -331,7 +331,7 @@ arrière a souvent tendance à explorer moins de possibilités et est préféré dans les cas d'utilisation pratiques. Il est remarquable que les implications logiques se prêtent à une représentation naturelle en termes de règles de réécriture de multiensembles ; or c'est de cette -similarité que nos constructions profitent. De plus nos +similarité que nos constructions profitent. De plus, nos implémentations bénéficient du parallélisme intrinsèque aux systèmes à membranes. Ce résultat a été publié dans~\cite{DBLP:journals/ijncr/IvanovARG11}. @@ -339,9 +339,9 @@ Ce résultat a été publié dans~\cite{DBLP:journals/ijncr/IvanovARG11}. Concernant les variations du modèle de base, nous avons proposé une extension assez naturelle qui permet aux systèmes à membranes de se modifier eux-mêmes. Dans le cadre de ce genre de système, les règles -de réécriture sont données par le contenu de certaines pairs de +de réécriture sont données par le contenu de certaines paires de membranes. Il est ainsi possible de modifier les règles au cours de -l'évolution du système en rajoutant ou en supprimant des objets des +l'évolution du système en rajoutant ou en supprimant des objets dans les membranes qui définissent ces règles. Nous avons donné à ces systèmes l'appellation de systèmes polymorphes ({\em polymorphic membrane systems}) et nous avons montré que le polymorphisme permettait de @@ -367,7 +367,7 @@ non permanence : une ressource qui ne participe pas à une interaction disparaît du système. Le deuxième principe est que si une ressource est présente dans le système, alors elle y est en quantité illimitée. Cela fait des systèmes à réactions un modèle intrinsèquement -qualitatif qui manipule des ensembles des symboles. +qualitatif qui manipule des ensembles de symboles. Les interactions entre les symboles dans les systèmes à réactions sont régies par les réactions. Une réaction contient trois ensembles: les @@ -380,7 +380,7 @@ d'application concomitante de plusieurs réactions est l'union de leurs produits. Les systèmes à réactions étant un modèle de calcul assez particulier, -beaucoup de chercheurs se sont intéressés à ses propriétés +beaucoup de chercheurs se sont intéressés à leurs propriétés formelles. Dans notre travail nous sommes revenus à la motivation d'origine et nous nous sommes proposé d'utiliser les systèmes à réactions pour modéliser les voies métaboliques d'une cellule. Une @@ -422,7 +422,7 @@ endroit vide dans le tableau d'origine. Ma contribution à l'étude des grammaires de tableaux a consisté à fournir une construction qui a permis de prouver la complétude -computationnelle d'une variante restreinte de ce modèle. Nous nous +computationnelle d'une variante restreinte de ce modèle~\cite{DBLP:conf/uc/FernauFISS13}. Nous nous sommes également intéressés à la combinaison de réécriture de tableaux avec les structures à membranes ; nous avons montré que ce genre de systèmes atteignent la complétude computationnelle avec des règles