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Samae 2023-04-22 11:15:09 +03:00
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commit e43e7a0900
9 changed files with 189 additions and 151 deletions

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@ -31,7 +31,7 @@ foldersource folder wildcards = do
foldersourceIO :: FilePath -> [String] -> IO [FilePath] foldersourceIO :: FilePath -> [String] -> IO [FilePath]
foldersourceIO folder wildcards = do foldersourceIO folder wildcards = do
let patterns = map compile wildcards let patterns = map compile wildcards
(results,_) <- globDir patterns folder results <- globDir patterns folder
return $ concat results return $ concat results
allfiles :: Action [FilePath] allfiles :: Action [FilePath]

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@ -1,8 +1,8 @@
{ nixpkgs ? import <nixpkgs> {}, compiler ? "default" }: { pkgs, compiler ? "default" }:
let let
inherit (nixpkgs) pkgs; inherit pkgs;
f = { mkDerivation, base, directory, Glob, shake, stdenv }: f = { mkDerivation, base, directory, Glob, shake, stdenv }:
mkDerivation { mkDerivation {
@ -12,7 +12,7 @@ let
isLibrary = false; isLibrary = false;
isExecutable = true; isExecutable = true;
executableHaskellDepends = [ base directory Glob shake ]; executableHaskellDepends = [ base directory Glob shake ];
license = stdenv.lib.licenses.publicDomain; license = pkgs.lib.licenses.publicDomain;
}; };
haskellPackages = if compiler == "default" haskellPackages = if compiler == "default"

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@ -1,4 +1,6 @@
with import <nixpkgs> {}; {pkgs}:
with pkgs;
# My thesis-specific tools and utilities # My thesis-specific tools and utilities
stdenv.mkDerivation { stdenv.mkDerivation {
@ -14,6 +16,7 @@ stdenv.mkDerivation {
enumitem enumitem
euenc euenc
filehook filehook
ifoddpage
jknapltx jknapltx
listings listings
logreq logreq
@ -34,13 +37,12 @@ stdenv.mkDerivation {
unicode-math unicode-math
xcolor xcolor
xetex xetex
xetex-def
xkeyval xkeyval
xstring xstring
zapfding zapfding
;} ) ;} )
biber biber
(import ./builderbot {}) (import ./builderbot {inherit pkgs;})
]; ];
src=null; src=null;
shellHook = '' shellHook = ''

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@ -207,7 +207,7 @@
\draw[-Stealth] (Mp) to node[auto] {$\absA$} (Mm); \draw[-Stealth] (Mp) to node[auto] {$\absA$} (Mm);
\draw[-Stealth] (Er) to node[auto] {$\sigma_{\model{M}{+}}$} (Ep); \draw[-Stealth] (Er) to node[auto] {$\sigma_{\model{M}{+}}$} (Ep);
\draw[-Stealth] (Er) to node[auto,swap] {$\sigma_{\model{M}{-}}$} (Em); \draw[-Stealth] (Er) to node[auto,swap] {$\sigma_{\model{M}{-}}$} (Em);
\draw[-Stealth] (Em) to node[auto,swap] {$f_\absA$} (Ep); \draw[-Stealth] (Em) to node[auto,swap] {$f_{\absA}$} (Ep);
\end{tikzpicture} \end{tikzpicture}
%14 %14
@ -218,14 +218,14 @@
\node (Er) at (2,0) {$E_{\model{M}{S}}$}; \node (Er) at (2,0) {$E_{\model{M}{S}}$};
\node (Ep) at (1,2) {$E_{\model{M}{+}}$}; \node (Ep) at (1,2) {$E_{\model{M}{+}}$};
\node (Em) at (3,2) {$E_{\model{M}{-}}$}; \node (Em) at (3,2) {$E_{\model{M}{-}}$};
\node (eq) at (4,2) {$\stackrel{\ftr{U}_\cat{AMon}}\mapsfrom$}; \node (eq) at (4,2) {$\stackrel{\ftr{U}_{\cat{AMon}}}\mapsfrom$};
\node (ap) at (5,2) {$\Phi_+$}; \node (ap) at (5,2) {$\Phi_+$};
\node (am) at (7,2) {$\Phi_-$}; \node (am) at (7,2) {$\Phi_-$};
\draw[-Stealth] (Mp) to node[auto] {$\absA$} (Mm); \draw[-Stealth] (Mp) to node[auto] {$\absA$} (Mm);
\draw[-Stealth] (Er) to node[auto] {$\sigma_{\model{M}{+}}$} (Ep); \draw[-Stealth] (Er) to node[auto] {$\sigma_{\model{M}{+}}$} (Ep);
\draw[-Stealth] (Er) to node[auto,swap] {$\sigma_{\model{M}{-}}$} (Em); \draw[-Stealth] (Er) to node[auto,swap] {$\sigma_{\model{M}{-}}$} (Em);
\draw[-Stealth] (Em) to node[auto,swap] {$f_\absA$} (Ep); \draw[-Stealth] (Em) to node[auto,swap] {$f_{\absA}$} (Ep);
\draw[-Stealth] (am) to node[auto,swap] {$h$} (ap); \draw[-Stealth] (am) to node[auto,swap] {$h$} (ap);
\end{tikzpicture} \end{tikzpicture}

25
flake.lock Normal file
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@ -0,0 +1,25 @@
{
"nodes": {
"nixpkgs": {
"locked": {
"lastModified": 1640418986,
"narHash": "sha256-a8GGtxn2iL3WAkY5H+4E0s3Q7XJt6bTOvos9qqxT5OQ=",
"owner": "NixOS",
"repo": "nixpkgs",
"rev": "5c37ad87222cfc1ec36d6cd1364514a9efc2f7f2",
"type": "github"
},
"original": {
"id": "nixpkgs",
"type": "indirect"
}
},
"root": {
"inputs": {
"nixpkgs": "nixpkgs"
}
}
},
"root": "root",
"version": 7
}

11
flake.nix Normal file
View File

@ -0,0 +1,11 @@
{
description = "A report built with Pandoc, XeLaTex and a custom font";
outputs = { self, nixpkgs }:
let
system = "x86_64-linux";
pkgs = nixpkgs.legacyPackages.${system};
in {
devShells."${system}".default = import ./default.nix {inherit pkgs;};
};
}

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@ -1194,11 +1194,11 @@ avons abordés:
\lsyss sont utilisés comme \formalisme pour décrire des modèles biologiques. \lsyss sont utilisés comme \formalisme pour décrire des modèles biologiques.
Par exemple, dans~\cite{prusinkiewicz_algorithmic_2012} se trouve, parmi de Par exemple, dans~\cite{prusinkiewicz_algorithmic_2012} se trouve, parmi de
nombreuses autres applications montrant la richesse de l'approche, le \lsys nombreuses autres applications montrant la richesse de l'approche, le \lsys
$L_\mathrm{AC} = (\{r,R,l,L\}, R, P_\mathrm{AC})$ comme \modele symbolique $L_{\mathrm{AC}} = (\{r,R,l,L\}, R, P_{\mathrm{AC}})$ comme \modele symbolique
du comportement de croissance de l'algue \emph{Anabaena catenula}. Cette du comportement de croissance de l'algue \emph{Anabaena catenula}. Cette
algue se présente sous la forme d'un filament de cellules. Les cellules sont algue se présente sous la forme d'un filament de cellules. Les cellules sont
polarisées (vers la gauche ou vers la droite) et le filament présente un polarisées (vers la gauche ou vers la droite) et le filament présente un
motif de polarisation spécifique. Les règles de $P_\mathrm{AC}$, données par motif de polarisation spécifique. Les règles de $P_{\mathrm{AC}}$, données par
$$ $$
\begin{array}{lll} \begin{array}{lll}
r & \Rightarrow & R \\ r & \Rightarrow & R \\
@ -1260,7 +1260,7 @@ fréquemment rencontrées.
Dans la suite, nous utiliserons la notation $\modelM$ pour désigner un modèle. Dans la suite, nous utiliserons la notation $\modelM$ pour désigner un modèle.
Afin de distinguer la façon de construire l'ensemble des faits d'un modèle du Afin de distinguer la façon de construire l'ensemble des faits d'un modèle du
modèle lui-même, nous noterons $E_\modelM$ l'ensemble des faits de $\modelM$. modèle lui-même, nous noterons $E_{\modelM}$ l'ensemble des faits de $\modelM$.
\subsubsection{Modèle à observables} \subsubsection{Modèle à observables}
@ -1284,23 +1284,23 @@ définition formelle suivante.
\begin{mpo-definition}[Modèle à observables] \begin{mpo-definition}[Modèle à observables]
Soit $\{ \dom_i \}_{i \in I}$, une famille d'ensembles. Soit $\{ \dom_i \}_{i \in I}$, une famille d'ensembles.
Un \emph{modèle à observables} $\modelM$ est un modèle caractérisé par un Un \emph{modèle à observables} $\modelM$ est un modèle caractérisé par un
couple $\langle \sig_\modelM, \bhv_\modelM \rangle$ couple $\langle \sig_{\modelM}, \bhv_{\modelM} \rangle$
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item $\sig_\modelM = \dom_1 \times \dom_2 \times \dom_3 \times \ldots$ est \item $\sig_{\modelM} = \dom_1 \times \dom_2 \times \dom_3 \times \ldots$ est
la \emph{signature} (encore appelé \emph{universum}) du modèle \modelM; la \emph{signature} (encore appelé \emph{universum}) du modèle \modelM;
\item $\bhv_\modelM \subseteq \sig_\modelM$ est le \emph{comportement} du \item $\bhv_{\modelM} \subseteq \sig_{\modelM}$ est le \emph{comportement} du
modèle \modelM. modèle \modelM.
\end{itemize} \end{itemize}
Les projections $\pi_i : \sig_\modelM \rightarrow \dom_i$ sont appelées les Les projections $\pi_i : \sig_{\modelM} \rightarrow \dom_i$ sont appelées les
\emph{observables} du modèle et $\dom_i$ est le \emph{domaine} de l'observable \emph{observables} du modèle et $\dom_i$ est le \emph{domaine} de l'observable
$\pi_i$. $\pi_i$.
Les éléments de $\bhv_\modelM$ sont appelés les \emph{états} du modèle. Les éléments de $\bhv_{\modelM}$ sont appelés les \emph{états} du modèle.
\noindent \noindent
L'ensemble des faits est donné par $E_\modelM = \bhv_\modelM$. L'ensemble des faits est donné par $E_{\modelM} = \bhv_{\modelM}$.
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
Un modèle à observables pourra être plus ou moins précis dans sa description du Un modèle à observables pourra être plus ou moins précis dans sa description du
@ -1317,12 +1317,12 @@ formalisée dans la section suivante par un mécanisme d'abstraction entre modè
\SI{1013,25}{\hecto\pascal}: \SI{1013,25}{\hecto\pascal}:
\[ \[
\begin{array}{rcl} \begin{array}{rcl}
\dom_\obsn{Phase} \dom_{\obsn{Phase}}
&=& \{\text{solide},\text{liquide},\text{gaz}\} \\ &=& \{\text{solide},\text{liquide},\text{gaz}\} \\
\dom_\obsn{Température} \dom_{\obsn{Température}}
&=& [-273,\infty[ \\ &=& [-273,\infty[ \\
\sig_{\model{M}{\it eau}} \sig_{\model{M}{\it eau}}
&=& \dom_\obsn{Phase} \times \dom_\obsn{Température} \\ &=& \dom_{\obsn{Phase}} \times \dom_{\obsn{Température}} \\
\bhv_{\model{M}{\it eau}} \bhv_{\model{M}{\it eau}}
&=& \{\text{solide}\} \times [-273,0] \\ &=& \{\text{solide}\} \times [-273,0] \\
&\cup& \{\text{liquide}\} \times [0,100] \\ &\cup& \{\text{liquide}\} \times [0,100] \\
@ -1364,7 +1364,7 @@ extension à partir des résultats d'expériences.
définition ci-dessus) et toutes les valeurs qu'une observable peut prendre définition ci-dessus) et toutes les valeurs qu'une observable peut prendre
forment son domaine ($\dom_i$ ci-dessus). Par exemple, forment son domaine ($\dom_i$ ci-dessus). Par exemple,
\[ \[
\dom_\obsn{WINDS Direction} \in \{ \textit{N}, \textit{NE}, \textit{E}, \dom_{\obsn{WINDS} Direction} \in \{ \textit{N}, \textit{NE}, \textit{E},
\textit{SE}, \textit{S}, \textit{SW}, \textit{W}, \textit{NW} \} \textit{SE}, \textit{S}, \textit{SW}, \textit{W}, \textit{NW} \}
\] \]
\end{mpo-exemple} \end{mpo-exemple}
@ -1380,11 +1380,11 @@ notion suivante de modèle équationnel.
\begin{mpo-definition}[Modèle équationnel]\label{def:modelequa} \begin{mpo-definition}[Modèle équationnel]\label{def:modelequa}
Un \emph{modèle équationnel} $\modelM$ est caractérisé par un couple de Un \emph{modèle équationnel} $\modelM$ est caractérisé par un couple de
fonctions $\langle f_\modelM, g_\modelM \rangle$ de même signature $X fonctions $\langle f_{\modelM}, g_{\modelM} \rangle$ de même signature $X
\rightarrow Y$ pour deux ensembles $X$ et $Y$ donnés, tel que l'ensemble des \rightarrow Y$ pour deux ensembles $X$ et $Y$ donnés, tel que l'ensemble des
faits de $\modelM$ est donné par faits de $\modelM$ est donné par
\[ \[
E_\modelM = \{ x \in X \mid f_\modelM(x)=g_\modelM(x) \} E_{\modelM} = \{ x \in X \mid f_{\modelM}(x)=g_{\modelM}(x) \}
\] \]
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
@ -1400,7 +1400,7 @@ notion suivante de modèle équationnel.
le modèle $\model{M}{\it gaz}$ des gaz parfaits dont l'ensemble des états est le modèle $\model{M}{\it gaz}$ des gaz parfaits dont l'ensemble des états est
donné par: donné par:
$$ $$
E_{\model{M}{\it gaz}} = \{ (V,P,T) \in \dom_\obsn{Volume} \times \dom_\obsn{Pression} \times \dom_\obsn{Température} \mid PV=nRT \} E_{\model{M}{\it gaz}} = \{ (V,P,T) \in \dom_{\obsn{Volume}} \times \dom_{\obsn{Pression}} \times \dom_{\obsn{Température}} \mid PV=nRT \}
$$ $$
$R =$ \SI{8,3144621}{\joule\per\kelvin\per\mole} représente la constante $R =$ \SI{8,3144621}{\joule\per\kelvin\per\mole} représente la constante
des gaz parfaits. Le modèle $\model{M}{\it gaz}$ est donc un modèle des gaz parfaits. Le modèle $\model{M}{\it gaz}$ est donc un modèle
@ -1423,12 +1423,12 @@ est entièrement déterminé par une partie de ses observables, que nous
appellerons \emph{observables privilégiées}. appellerons \emph{observables privilégiées}.
\begin{mpo-definition}[Modèle à observables privilégiées]\label{def:modfct} \begin{mpo-definition}[Modèle à observables privilégiées]\label{def:modfct}
Soient $\modelM = \langle \sig_\modelM, \bhv_\modelM \rangle$ un modèle avec Soient $\modelM = \langle \sig_{\modelM}, \bhv_{\modelM} \rangle$ un modèle avec
observables $I$ (\ie $\sig_\modelM = \prod_{i\in I} \dom_i$) et $J \subset I$ observables $I$ (\ie $\sig_{\modelM} = \prod_{i\in I} \dom_i$) et $J \subset I$
un sous-ensemble d'observables. Le modèle $\modelM$ est \emph{à observables un sous-ensemble d'observables. Le modèle $\modelM$ est \emph{à observables
privilégiées} $J$ si, et seulement si, privilégiées} $J$ si, et seulement si,
$$ $$
\forall b_1,b_2 \in \bhv_\modelM\quad \forall b_1,b_2 \in \bhv_{\modelM}\quad
\pi_J(b_1) = \pi_J(b_2) \Rightarrow b_1 = b_2 \pi_J(b_1) = \pi_J(b_2) \Rightarrow b_1 = b_2
$$ $$
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
@ -1437,16 +1437,16 @@ Cette définition n'est pas sans rappeler quelques concepts propres au
domaine des bases de données relationnelles, introduites par E. F. Codd domaine des bases de données relationnelles, introduites par E. F. Codd
dans~\cite{codd_relational_1970}. Un modèle à observables $\modelM$ est très dans~\cite{codd_relational_1970}. Un modèle à observables $\modelM$ est très
proche d'une relation, au sens de l'algèbre relationnelle, avec sa signature proche d'une relation, au sens de l'algèbre relationnelle, avec sa signature
$\sig_\modelM$ pour \emph{schéma} et son comportement $\bhv_\modelM$ comme $\sig_{\modelM}$ pour \emph{schéma} et son comportement $\bhv_{\modelM}$ comme
\emph{extension}, l'ensemble des tuples de la relation. Les observables \emph{extension}, l'ensemble des tuples de la relation. Les observables
privilégiées sont elles à rapprocher de la notion de \emph{clé primaire} privilégiées sont elles à rapprocher de la notion de \emph{clé primaire}
(ou plus précisément de \emph{super-clé}): dans un modèle à observables (ou plus précisément de \emph{super-clé}): dans un modèle à observables
privilégiées, chaque $p \in \prod_{j\in J} \dom_j$ identifie de manière unique privilégiées, chaque $p \in \prod_{j\in J} \dom_j$ identifie de manière unique
un tuple de $\bhv_\modelM$ s'il existe. un tuple de $\bhv_{\modelM}$ s'il existe.
%% %%
Plus précisément, c'est à la notion de \emph{dépendance fonctionnelle} que Plus précisément, c'est à la notion de \emph{dépendance fonctionnelle} que
correspondent les observables privilégiées. En effet, l'équation de la correspondent les observables privilégiées. En effet, l'équation de la
définition décrit l'existence d'une fonction codée au sein de $\bhv_\modelM$. définition décrit l'existence d'une fonction codée au sein de $\bhv_{\modelM}$.
\begin{mpo-exemple} \begin{mpo-exemple}
En reprenant le modèle $\model{M}{\it gaz}$ de l'exemple~\ref{ex:gazparfait}, il En reprenant le modèle $\model{M}{\it gaz}$ de l'exemple~\ref{ex:gazparfait}, il
@ -1471,26 +1471,26 @@ l'action du temps sur l'état du système.
Cette action repose sur la nature monoïdale~\cite{giunti_dynamical_2012} de Cette action repose sur la nature monoïdale~\cite{giunti_dynamical_2012} de
l'ensemble utilisé pour représenter le temps. l'ensemble utilisé pour représenter le temps.
%% %%
Un \emph{monoïde} est un triplet $ \Time = \langle D_\Time, 0_\Time, +_\Time Un \emph{monoïde} est un triplet $ \Time = \langle D_{\Time}, 0_{\Time}, +_{\Time}
\rangle$ (noté ici additivement) tel que $D_\Time$ est un ensemble arbitraire, \rangle$ (noté ici additivement) tel que $D_{\Time}$ est un ensemble arbitraire,
$+_\Time$ est une loi de composition interne binaire \emph{associative} $+_{\Time}$ est une loi de composition interne binaire \emph{associative}
($\forall x,y,z \in D_\Time, x +_\Time (y +_\Time z) = (x +_\Time y) +_\Time z$) ($\forall x,y,z \in D_{\Time}, x +_{\Time} (y +_{\Time} z) = (x +_{\Time} y) +_{\Time} z$)
et munie d'un élément \emph{neutre} $0_\Time$ ($\forall x \in D_\Time, 0_\Time et munie d'un élément \emph{neutre} $0_{\Time}$ ($\forall x \in D_{\Time}, 0_{\Time}
+_\Time x = x +_\Time 0_\Time = x$). +_{\Time} x = x +_{\Time} 0_{\Time} = x$).
%% %%
Dans le cadre de la modélisation du temps, les éléments de $D_\Time$ Dans le cadre de la modélisation du temps, les éléments de $D_{\Time}$
correspondent à des \emph{durées} et la loi de composition fournit un moyen de correspondent à des \emph{durées} et la loi de composition fournit un moyen de
cumuler ces \emph{durées}. cumuler ces \emph{durées}.
%% %%
L'\emph{action} d'un monoïde sur un ensemble arbitraire $E$ est une L'\emph{action} d'un monoïde sur un ensemble arbitraire $E$ est une
fonction $\Phi: E \times D_\Time \rightarrow E$ telle que $\forall x \in E, \forall \delta_1, \delta_2 \in fonction $\Phi: E \times D_{\Time} \rightarrow E$ telle que $\forall x \in E, \forall \delta_1, \delta_2 \in
D_\Time$: D_{\Time}$:
$$ $$
\Phi(x, 0_\Time) = x \qquad \qquad \Phi(\Phi(x,\delta_1), \delta_2) = \Phi(x,\delta_1 +_\Time \delta_2) \Phi(x, 0_{\Time}) = x \qquad \qquad \Phi(\Phi(x,\delta_1), \delta_2) = \Phi(x,\delta_1 +_{\Time} \delta_2)
$$ $$
En interprétant les éléments de $E$ comme une modélisation des états d'un En interprétant les éléments de $E$ comme une modélisation des états d'un
système, l'action $\Phi$ spécifie une fonction de transition précisant comment, système, l'action $\Phi$ spécifie une fonction de transition précisant comment,
après une durée $\delta\in D_\Time$, le système passe d'un état $x \in E$ à un après une durée $\delta\in D_{\Time}$, le système passe d'un état $x \in E$ à un
nouvel état $\Phi(x,\delta)$. nouvel état $\Phi(x,\delta)$.
Cette définition très générale n'impose aucune propriété particulière sur le Cette définition très générale n'impose aucune propriété particulière sur le
@ -1519,31 +1519,31 @@ d'un \emph{formalisme} permettant la \emph{modélisation} de la dynamique d'un
%% %%
\begin{mpo-definition}[Modèle dynamique]\label{def:moddyna} \begin{mpo-definition}[Modèle dynamique]\label{def:moddyna}
Un \emph{modèle dynamique} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un triplet Un \emph{modèle dynamique} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un triplet
$\langle \bhv_\modelM, \Time_\modelM, \Phi_\modelM \rangle$ tel que $\langle \bhv_{\modelM}, \Time_{\modelM}, \Phi_{\modelM} \rangle$ tel que
%% %%
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $\Time_\modelM$ est un monoïde appelé \emph{modèle du temps} et dont les \item $\Time_{\modelM}$ est un monoïde appelé \emph{modèle du temps} et dont les
éléments $\delta \in D_\Time$ sont appelés \emph{durées}, éléments $\delta \in D_{\Time}$ sont appelés \emph{durées},
\item $\bhv_\modelM$ est un ensemble non vide appelé l'\emph{espace des états} \item $\bhv_{\modelM}$ est un ensemble non vide appelé l'\emph{espace des états}
et dont les éléments sont appelés \emph{états}, et dont les éléments sont appelés \emph{états},
\item $\Phi_\modelM$ est une action de monoïde de $\Time_\modelM$ sur \item $\Phi_{\modelM}$ est une action de monoïde de $\Time_{\modelM}$ sur
$\bhv_\modelM$ appelée \emph{fonction de transition}. $\bhv_{\modelM}$ appelée \emph{fonction de transition}.
\end{enumerate} \end{enumerate}
%% %%
L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par: L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par:
$$ $$
E_\modelM = \{ (x,\delta,\Phi(x,\delta)) \mid x \in \bhv_\modelM, \delta \in \Time_\modelM \} E_{\modelM} = \{ (x,\delta,\Phi(x,\delta)) \mid x \in \bhv_{\modelM}, \delta \in \Time_{\modelM} \}
$$ $$
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
Dans cette définition, chaque triplet d'un modèle dynamique $(x,\delta,x')$ Dans cette définition, chaque triplet d'un modèle dynamique $(x,\delta,x')$
représente la transition du système de l'état $x$ vers l'état $x'$ après une représente la transition du système de l'état $x$ vers l'état $x'$ après une
durée $\delta$. Nous remarquerons également que $E_\modelM$ spécifie exactement durée $\delta$. Nous remarquerons également que $E_{\modelM}$ spécifie exactement
la fonction $\Phi_\modelM$: un modèle dynamique est donc également un modèle la fonction $\Phi_{\modelM}$: un modèle dynamique est donc également un modèle
à observables privilégiées tel que décrit définition~\ref{def:modfct}, les à observables privilégiées tel que décrit définition~\ref{def:modfct}, les
observables privilégiées étant ici le temps et les conditions initiales. observables privilégiées étant ici le temps et les conditions initiales.
@ -1594,8 +1594,8 @@ Mathématiquement, ces considérations sont affiliées aux notions d'espaces
topologiques et de fonctions continues. topologiques et de fonctions continues.
%% %%
Un \emph{espace topologique} $\mathbb{S}$ est la donnée d'un ensemble de Un \emph{espace topologique} $\mathbb{S}$ est la donnée d'un ensemble de
\emph{points} $E_\mathbb{S}$, d'un ensemble d'\emph{ouverts} $\Omega_\mathbb{S} \emph{points} $E_{\mathbb{S}}$, d'un ensemble d'\emph{ouverts} $\Omega_{\mathbb{S}}
\subset \mathbb{2}^{E_\mathbb{S}}$, contenant $E_\mathbb{S}$ et $\emptyset$, et \subset \mathbb{2}^{E_{\mathbb{S}}}$, contenant $E_{\mathbb{S}}$ et $\emptyset$, et
clos par union arbitraire et par intersection finie. clos par union arbitraire et par intersection finie.
%% %%
Une \emph{fonction continue} d'un espace topologique vers un autre est une Une \emph{fonction continue} d'un espace topologique vers un autre est une
@ -1632,20 +1632,20 @@ représentation d'une fonction continue.
%% %%
\begin{mpo-definition}[Modèle à base de champs]\label{def:modfield} \begin{mpo-definition}[Modèle à base de champs]\label{def:modfield}
Un \emph{modèle à base de champ} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un Un \emph{modèle à base de champ} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un
triplet $\langle \Space_\modelM, \mathbb{V}_\modelM, f_\modelM \rangle$ tel que triplet $\langle \Space_{\modelM}, \mathbb{V}_{\modelM}, f_{\modelM} \rangle$ tel que
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $\Space_\modelM$ et $\mathbb{V}_\modelM$ sont des espaces topologiques, \item $\Space_{\modelM}$ et $\mathbb{V}_{\modelM}$ sont des espaces topologiques,
et et
\item $f_\modelM:\Space_\modelM \rightarrow \mathbb{V}_\modelM$ est une \item $f_{\modelM}:\Space_{\modelM} \rightarrow \mathbb{V}_{\modelM}$ est une
fonction continue. fonction continue.
\end{enumerate} \end{enumerate}
%% %%
L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par: L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par:
$$ $$
E_\modelM = \{ (x,f(x)) \mid x \in \Space_\modelM \} E_{\modelM} = \{ (x,f(x)) \mid x \in \Space_{\modelM} \}
$$ $$
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
%% %%
@ -1656,8 +1656,8 @@ discrète est celle où tout sous-ensemble de points est un ouvert. Il ne faut
cependant pas la comprendre comme \textbf{la} topologie des modèles discrets.} cependant pas la comprendre comme \textbf{la} topologie des modèles discrets.}
sur l'espace de départ. La qualité d'un modèle à base de champ viendra du choix sur l'espace de départ. La qualité d'un modèle à base de champ viendra du choix
judicieux des topologies utilisées. Nous remarquerons enfin que la définition judicieux des topologies utilisées. Nous remarquerons enfin que la définition
fonctionnelle de $E_\modelM$ permet d'inclure les modèles à base de champs comme fonctionnelle de $E_{\modelM}$ permet d'inclure les modèles à base de champs
car particulier de modèles à variables privilégiées. comme cas particulier de modèles à variables privilégiées.
\begin{mpo-exemple} \begin{mpo-exemple}
@ -1710,7 +1710,7 @@ modèle à base de champ $\model{M}{\it sép.}$ de la séparation d'un réseau p
$$ $$
\Space_{\model{M}{\it sép.}} = \langle G, \Omega^{\rm dig.}_G \rangle \Space_{\model{M}{\it sép.}} = \langle G, \Omega^{\rm dig.}_G \rangle
\qquad \qquad
\mathbb{V}_{\model{M}{\it sép.}} = \langle \mathbb{N}, \Omega^{\rm dig.}_\mathbb{N} \rangle \mathbb{V}_{\model{M}{\it sép.}} = \langle \mathbb{N}, \Omega^{\rm dig.}_{\mathbb{N}} \rangle
\qquad \qquad
f_{\model{M}{\it sép.}} = d f_{\model{M}{\it sép.}} = d
$$ $$
@ -1782,14 +1782,14 @@ Nous terminons la description de ces quelques classes de modèles en évoquant
les systèmes que nous souhaitons modéliser de façon probabiliste. Pour ces les systèmes que nous souhaitons modéliser de façon probabiliste. Pour ces
modélisations, le formalisme repose essentiellement sur les notions d'espace modélisations, le formalisme repose essentiellement sur les notions d'espace
mesurable et de probabilité. Formellement, un espace mesurable $\mathbb{X}$ est mesurable et de probabilité. Formellement, un espace mesurable $\mathbb{X}$ est
un ensemble $X_\mathbb{X}$ muni d'une \emph{tribu} $\mathcal{A_\mathbb{X}}$, un ensemble $X_{\mathbb{X}}$ muni d'une \emph{tribu} $\mathcal{A_{\mathbb{X}}}$,
c'est-à-dire d'un ensemble de sous-ensembles de $X_\mathbb{X}$ contenant c'est-à-dire d'un ensemble de sous-ensembles de $X_{\mathbb{X}}$ contenant
$X_\mathbb{X}$, clos par complémentation et par union dénombrable. Dans le cadre $X_{\mathbb{X}}$, clos par complémentation et par union dénombrable. Dans le cadre
de la théorie de la probabilité, $X_\mathbb{X}$ est appelé un \emph{univers}, de la théorie de la probabilité, $X_{\mathbb{X}}$ est appelé un \emph{univers},
représentant l'ensemble de toutes les résultats d'une expérience donnée, et représentant l'ensemble de toutes les résultats d'une expérience donnée, et
$\mathcal{A}_\mathbb{X}$ l'ensemble des événements. Une mesure de probabilité $\mathcal{A}_{\mathbb{X}}$ l'ensemble des événements. Une mesure de probabilité
$\mathbb{P}$ associe à chaque événement sa probabilité, c'est-à-dire une $\mathbb{P}$ associe à chaque événement sa probabilité, c'est-à-dire une
valeur de $[0,1]$ telle que $\mathbb{P}(X_\mathbb{X})=1$ et $\mathbb{P}(\cup_i valeur de $[0,1]$ telle que $\mathbb{P}(X_{\mathbb{X}})=1$ et $\mathbb{P}(\cup_i
A_i)=\sum_i \mathbb{P}(A_i)$ pour toutes familles dénombrables d'événements A_i)=\sum_i \mathbb{P}(A_i)$ pour toutes familles dénombrables d'événements
disjoints $\{A_i\}$. disjoints $\{A_i\}$.
@ -1798,18 +1798,18 @@ parlerons ici de \emph{modèle probabiliste}.
%% %%
\begin{mpo-definition}[Modèle probabiliste]\label{def:probmodel} \begin{mpo-definition}[Modèle probabiliste]\label{def:probmodel}
Un \emph{modèle probabiliste} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un couple Un \emph{modèle probabiliste} est un modèle $\modelM$ caractérisé par un couple
$\langle \mathbb{X}_\modelM, \mathbb{P}_\modelM \rangle$ tel que $\langle \mathbb{X}_{\modelM}, \mathbb{P}_{\modelM} \rangle$ tel que
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $\mathbb{X}_\modelM = \langle X_\modelM, \mathcal{A}_\modelM \rangle$ est \item $\mathbb{X}_{\modelM} = \langle X_{\modelM}, \mathcal{A}_{\modelM} \rangle$ est
un espace mesurable, et un espace mesurable, et
\item $\mathbb{P}_\modelM$ est une probabilité sur $\mathbb{X}_\modelM$. \item $\mathbb{P}_{\modelM}$ est une probabilité sur $\mathbb{X}_{\modelM}$.
\end{enumerate} \end{enumerate}
L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par: L'ensemble des faits de $\modelM$ est donné par:
$$ $$
E_\modelM = \{ (A,\mathbb{P}_\modelM(A)) \mid A \in \mathcal{A}_\modelM \} E_{\modelM} = \{ (A,\mathbb{P}_{\modelM}(A)) \mid A \in \mathcal{A}_{\modelM} \}
$$ $$
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
On remarquera que cette définition décrit les modèles probabilistes comme des On remarquera que cette définition décrit les modèles probabilistes comme des
@ -2094,24 +2094,24 @@ venons d'évoquer. Pour se faire, nous considérons d'une part la probabilité
$P(n_V,n_P,t|n_V^0,n_P^0)$ que \emph{le système soit composé de $n_V$ proies $P(n_V,n_P,t|n_V^0,n_P^0)$ que \emph{le système soit composé de $n_V$ proies
et $n_P$ prédateurs au temps $t$ considérant une population initiale de et $n_P$ prédateurs au temps $t$ considérant une population initiale de
$n_V^0$ proies et $n_P^0$ prédateurs}, et d'autre part, le domaine \emph{fini} $n_V^0$ proies et $n_P^0$ prédateurs}, et d'autre part, le domaine \emph{fini}
$\dom_\obsn{Pop}$ des populations possibles: $\dom_{\obsn{Pop}}$ des populations possibles:
$$ $$
\dom_\obsn{Pop} = \{ (n_V,n_P)\in \mathbb{N}^2 \mid n_V + n_P \le N \} \dom_{\obsn{Pop}} = \{ (n_V,n_P)\in \mathbb{N}^2 \mid n_V + n_P \le N \}
$$ $$
Considérant que les densités de probabilité sur $\dom_\obsn{Pop}$ sont des Considérant que les densités de probabilité sur $\dom_{\obsn{Pop}}$ sont des
fonctions $d:\dom_\obsn{Pop} \rightarrow [0,1]$ telles que fonctions $d:\dom_{\obsn{Pop}} \rightarrow [0,1]$ telles que
$$ $$
\sum_{s\in\dom_\obsn{Pop}} d(s) = 1, \sum_{s\in\dom_{\obsn{Pop}}} d(s) = 1,
$$ $$
l'action de monoïde\footnote{On montre facilement qu'il s'agit d'une action de l'action de monoïde\footnote{On montre facilement qu'il s'agit d'une action de
monoïde en remarquant que monoïde en remarquant que
$$ $$
P(s',0|s) = \delta_s^{s'} P(s',0|s) = \delta_s^{s'}
\qquad \qquad
P(s,t_1 + t_2|s'') = \sum_{s'\in\dom_\obsn{Pop}} P(s,t_2|s') P(s',t_1|s'') P(s,t_1 + t_2|s'') = \sum_{s'\in\dom_{\obsn{Pop}}} P(s,t_2|s') P(s',t_1|s'')
$$} de $\mathbb{R}^+$ est défini sur les densités de probabilité par: $$} de $\mathbb{R}^+$ est défini sur les densités de probabilité par:
$$ $$
\Phi_{\model{M}{L}}(d, t) = s \mapsto \sum_{s' \in \dom_\obsn{Pop}} d(s') P(s,t|s') \Phi_{\model{M}{L}}(d, t) = s \mapsto \sum_{s' \in \dom_{\obsn{Pop}}} d(s') P(s,t|s')
$$ $$
pour finalement obtenir la description de $\model{M}{L}$ comme un modèle pour finalement obtenir la description de $\model{M}{L}$ comme un modèle
dynamique. dynamique.
@ -2225,16 +2225,16 @@ flèches d'abstraction soient les fonctions de $\model{M}{-}$ vers $\model{M}{+}
qui respectent la \emph{sémantique} imposée par le système. qui respectent la \emph{sémantique} imposée par le système.
En se référant aux notations précédentes, il est clair qu'un modèle $\modelM$ En se référant aux notations précédentes, il est clair qu'un modèle $\modelM$
ne peut être restreint qu'à son seul ensemble de faits $E_\modelM$. Il est ne peut être restreint qu'à son seul ensemble de faits $E_{\modelM}$. Il est
nécessaire de lui associer également une sémantique $\sigma_\modelM$. La nécessaire de lui associer également une sémantique $\sigma_{\modelM}$. La
question qui nous est alors posée est comment formaliser cette sémantique. Nous question qui nous est alors posée est comment formaliser cette sémantique. Nous
développons ici une proposition fondée sur la définition usuelle des modèles vus développons ici une proposition fondée sur la définition usuelle des modèles vus
comme des \emph{abstractions} du système. La sémantique $\sigma_\modelM$ serait comme des \emph{abstractions} du système. La sémantique $\sigma_{\modelM}$ serait
alors vu comme une flèche d'abstraction au sens que nous venons d'évoquer. alors vu comme une flèche d'abstraction au sens que nous venons d'évoquer.
L'idée générale consiste donc, pour un système $S$ donné, de considérer un L'idée générale consiste donc, pour un système $S$ donné, de considérer un
\emph{modèle de référence} $\model{M}{S}$ auquel tout autre modèle $\modelM$ de \emph{modèle de référence} $\model{M}{S}$ auquel tout autre modèle $\modelM$ de
$S$ se rapportera par une fonction $\sigma_\modelM$ allant de $E_{\model{M}{S}}$ $S$ se rapportera par une fonction $\sigma_{\modelM}$ allant de $E_{\model{M}{S}}$
vers $E_\modelM$. vers $E_{\modelM}$.
Dans cette section, nous proposons d'utiliser la théorie des catégories pour Dans cette section, nous proposons d'utiliser la théorie des catégories pour
élaborer un cadre formel suffisant à la réalisation de cette proposition. Pour élaborer un cadre formel suffisant à la réalisation de cette proposition. Pour
@ -2295,7 +2295,7 @@ force de traction qu'exerce le ballon à son point de fixation.
On remarque après quelques tests que cette force dépend du volume $V_e$ On remarque après quelques tests que cette force dépend du volume $V_e$
qu'occupe le ballon, sachant que celui-ci éclatera au-delà d'un volume maximal qu'occupe le ballon, sachant que celui-ci éclatera au-delà d'un volume maximal
$V_\mathrm{max}$. $V_{\mathrm{max}}$.
Deux modélisateurs s'attaquent au problème et cherchent à établir une loi Deux modélisateurs s'attaquent au problème et cherchent à établir une loi
reliant force et volume. Après avoir longuement considéré les reliant force et volume. Après avoir longuement considéré les
@ -2307,13 +2307,13 @@ données récoltées, ils proposent les modèles suivants:
volume repose sur un rapport de proportionnalité} en accord avec la poussée volume repose sur un rapport de proportionnalité} en accord avec la poussée
d'Archimède et propose le modèle équationnel: d'Archimède et propose le modèle équationnel:
$$ $$
E_{\model{M}{1}} = \{ (F,V) \in \dom_\obsn{Traction} \times \dom_\obsn{Volume} E_{\model{M}{1}} = \{ (F,V) \in \dom_{\obsn{Traction}} \times \dom_{\obsn{Volume}}
\mid F= c_0 V \} \uplus \{ \bot, \mathit{éclaté} \} \mid F= c_0 V \} \uplus \{ \bot, \mathit{éclaté} \}
$$ $$
à deux observables $\obsn{Traction}$ (en Newton dans $\dom_\obsn{Traction} = à deux observables $\obsn{Traction}$ (en Newton dans $\dom_{\obsn{Traction}} =
\mathbb{R}^+$) représentant la force de traction verticale et orientée vers \mathbb{R}^+$) représentant la force de traction verticale et orientée vers
le haut au point de fixation $P$ du ballon, et $\obsn{Volume}$ (en mètre le haut au point de fixation $P$ du ballon, et $\obsn{Volume}$ (en mètre
cube dans $\dom_\obsn{Volume} = \mathbb{R}^+$), le volume de fluide déplacé. cube dans $\dom_{\obsn{Volume}} = \mathbb{R}^+$), le volume de fluide déplacé.
Le coefficient de proportionnalité $c_0 = \rho_E g$ est donné par $\rho_E = Le coefficient de proportionnalité $c_0 = \rho_E g$ est donné par $\rho_E =
\SI{1.0}{\kilogram\per\metre\cubed}$, la masse volumique de l'eau, et $g = \SI{1.0}{\kilogram\per\metre\cubed}$, la masse volumique de l'eau, et $g =
\SI{9.81}{\newton\per\kilogram}$, l'accélération de la pesanteur terrestre. \SI{9.81}{\newton\per\kilogram}$, l'accélération de la pesanteur terrestre.
@ -2332,17 +2332,17 @@ données récoltées, ils proposent les modèles suivants:
volumique de l'azote, et $c_2 = m_B g$ avec $m_B$ la masse du ballon (de volumique de l'azote, et $c_2 = m_B g$ avec $m_B$ la masse du ballon (de
l'ordre d'une dizaine de grammes par exemple).}. En dehors de cette marge, l'ordre d'une dizaine de grammes par exemple).}. En dehors de cette marge,
l'équation proposée est fausse, et l'on peut se reporter sur le symbole l'équation proposée est fausse, et l'on peut se reporter sur le symbole
$\mathit{éclaté}$ pour les volumes $V > V_\mathrm{max}$, ou sur le symbole $\mathit{éclaté}$ pour les volumes $V > V_{\mathrm{max}}$, ou sur le symbole
$\bot$ représentant l'absence d'explication par le modèle $\model{M}{1}$ $\bot$ représentant l'absence d'explication par le modèle $\model{M}{1}$
lorsque $V < V_a$. Ainsi la sémantique de $\model{M}{1}$ revient à associer lorsque $V < V_a$. Ainsi la sémantique de $\model{M}{1}$ revient à associer
à une mesure expérimentale $V_e$ du volume du ballon, le calcul théorique à une mesure expérimentale $V_e$ du volume du ballon, le calcul théorique
lorsque l'on est dans l'intervalle d'acceptation $[V_a,V_\mathrm{max}]$ du lorsque l'on est dans l'intervalle d'acceptation $[V_a,V_{\mathrm{max}}]$ du
modèle: modèle:
$$ $$
\sigma_{\model{M}{1}}(V_e) = \sigma_{\model{M}{1}}(V_e) =
\left\{ \begin{array}{ll} \left\{ \begin{array}{ll}
\bot & \textnormal{si } V_e < V_a\\ \bot & \textnormal{si } V_e < V_a\\
(c_0 V_e, V_e) & \textnormal{si } V_a \le V_e < V_\mathrm{max} \\ (c_0 V_e, V_e) & \textnormal{si } V_a \le V_e < V_{\mathrm{max}} \\
\mathit{éclaté} & \textnormal{si } V_e = \mathit{éclaté} \mathit{éclaté} & \textnormal{si } V_e = \mathit{éclaté}
\end{array}\right. \end{array}\right.
$$ $$
@ -2379,7 +2379,7 @@ données récoltées, ils proposent les modèles suivants:
(\mathit{faible},\mathit{petit}) & \textnormal{si } V_e < V_1 \\ (\mathit{faible},\mathit{petit}) & \textnormal{si } V_e < V_1 \\
(\mathit{faible},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } V_1 \le V_e < V_2\\ (\mathit{faible},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } V_1 \le V_e < V_2\\
(\mathit{forte},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } V_2 \le V_e < V_3 \\ (\mathit{forte},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } V_2 \le V_e < V_3 \\
(\mathit{forte},\mathit{gros}) & \textnormal{si } V_3 \le V_e < V_\mathrm{max}\\ (\mathit{forte},\mathit{gros}) & \textnormal{si } V_3 \le V_e < V_{\mathrm{max}}\\
\mathit{éclaté} & \textnormal{si } V_e = \mathit{éclaté} \mathit{éclaté} & \textnormal{si } V_e = \mathit{éclaté}
\end{array}\right. \end{array}\right.
$$ $$
@ -2401,9 +2401,9 @@ $$
(\mathit{forte},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } s = (F,V) (\mathit{forte},\mathit{moyen}) & \textnormal{si } s = (F,V)
\textnormal{ et } V_2 \le V < V_3\\ \textnormal{ et } V_2 \le V < V_3\\
(\mathit{forte},\mathit{gros}) & \textnormal{si } s = (F,V) (\mathit{forte},\mathit{gros}) & \textnormal{si } s = (F,V)
\textnormal{ et } V_3 \leq V < V_\mathrm{max}\\ \textnormal{ et } V_3 \leq V < V_{\mathrm{max}}\\
\mathit{éclaté} & \textnormal{si } s = (F,V) \mathit{éclaté} & \textnormal{si } s = (F,V)
\textnormal{ et } V_\mathrm{max} \le V\\ \textnormal{ et } V_{\mathrm{max}} \le V\\
\mathit{éclaté} & \textnormal{si } s = \mathit{éclaté} \mathit{éclaté} & \textnormal{si } s = \mathit{éclaté}
\end{array}\right. \end{array}\right.
$$ $$
@ -2448,10 +2448,10 @@ d'objet en objet.
\begin{mpo-definition}[Catégorie~\cite{adamek_abstract_2004}] \begin{mpo-definition}[Catégorie~\cite{adamek_abstract_2004}]
Une \emph{catégorie\footnote{localement petite}} est un quadruplet $\cat{K} = Une \emph{catégorie\footnote{localement petite}} est un quadruplet $\cat{K} =
(O_\cat{K},\khom_\cat{K},\kid_\cat{K},\circ_\cat{K})$ (O_{\cat{K}},\khom_{\cat{K}},\kid_{\cat{K}},\circ_{\cat{K}})$
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $O_\cat{K}$ est une classe\footnote{Dans la théorie des ensembles, les \item $O_{\cat{K}}$ est une classe\footnote{Dans la théorie des ensembles, les
\emph{classes} ont été introduites afin d'éviter les contradictions issues \emph{classes} ont été introduites afin d'éviter les contradictions issues
d'énoncés tels que le paradoxe de Russell (\emph{Est-ce que l'ensemble des d'énoncés tels que le paradoxe de Russell (\emph{Est-ce que l'ensemble des
ensembles n'appartenant pas à eux-même, $x \notin x$, appartient à lui-même ensembles n'appartenant pas à eux-même, $x \notin x$, appartient à lui-même
@ -2463,31 +2463,31 @@ d'objet en objet.
propres, ne sont pas des ensembles.}, propres, ne sont pas des ensembles.},
dont les membres sont appelés des \emph{\objs{K}}; dont les membres sont appelés des \emph{\objs{K}};
\item pour chaque paire d'objets $(A,B)$ de $\cat{K}$, $\khom_\cat{K}(A,B)$ \item pour chaque paire d'objets $(A,B)$ de $\cat{K}$, $\khom_{\cat{K}}(A,B)$
est un ensemble dont les membres sont appelés des \mrphs{K} de $A$ vers $B$: est un ensemble dont les membres sont appelés des \mrphs{K} de $A$ vers $B$:
on appelle $A$, le domaine de $f$ (noté $\kdom(f)$) et $B$, le codomaine on appelle $A$, le domaine de $f$ (noté $\kdom(f)$) et $B$, le codomaine
de $f$ (noté $\kcod(f)$)\footnote{Pour assurer l'unicité du domaine et du de $f$ (noté $\kcod(f)$)\footnote{Pour assurer l'unicité du domaine et du
codomaine, les ensembles $\khom_\cat{K}(A,B)$ sont supposés deux à deux codomaine, les ensembles $\khom_{\cat{K}}(A,B)$ sont supposés deux à deux
disjoints.}; l'expression $f \in \khom_\cat{K}(A,B)$ est également notée disjoints.}; l'expression $f \in \khom_{\cat{K}}(A,B)$ est également notée
\morphism{f}{A}{B} ou encore $f : A \rightarrow B$; \morphism{f}{A}{B} ou encore $f : A \rightarrow B$;
\item pour chaque \obj{K} $A$, $\kid_\cat{K}(A)$ est un morphisme de $A$ vers \item pour chaque \obj{K} $A$, $\kid_{\cat{K}}(A)$ est un morphisme de $A$ vers
$A$ appelé la $\cat{K}$-identité sur $A$, également noté $\kid_A$; $A$ appelé la $\cat{K}$-identité sur $A$, également noté $\kid_A$;
\item $\circ_\cat{K}$ est une loi de composition associant à chaque paire de \item $\circ_{\cat{K}}$ est une loi de composition associant à chaque paire de
\mrphs{K} $(f : A \rightarrow B, g : B \rightarrow C)$ un \mrph{K} $(g \mrphs{K} $(f : A \rightarrow B, g : B \rightarrow C)$ un \mrph{K} $(g
\circ_\cat{K} f) : A \rightarrow C$, appelé la composition de $f$ et $g$, \circ_{\cat{K}} f) : A \rightarrow C$, appelé la composition de $f$ et $g$,
assujettie aux conditions suivantes: assujettie aux conditions suivantes:
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item la composition est associative: tout triplet de \mrphs{K} $(f: A \item la composition est associative: tout triplet de \mrphs{K} $(f: A
\rightarrow B,g: B \rightarrow C,h: C \rightarrow D)$ vérifie l'équation \rightarrow B,g: B \rightarrow C,h: C \rightarrow D)$ vérifie l'équation
$h circ_\cat{K} (g \circ_\cat{K} f) = (h \circ_\cat{K} g) \circ_\cat{K} $h circ_{\cat{K}} (g \circ_{\cat{K}} f) = (h \circ_{\cat{K}} g) \circ_{\cat{K}}
f$; f$;
\item les $\cat{K}$-identités sont neutres pour la composition: pour \item les $\cat{K}$-identités sont neutres pour la composition: pour
tout \mrph{K} $f : A \rightarrow B$, on a $\kid_B \circ_\cat{K} f = f = f tout \mrph{K} $f : A \rightarrow B$, on a $\kid_B \circ_{\cat{K}} f = f = f
\circ_\cat{K} \kid_A$. \circ_{\cat{K}} \kid_A$.
\end{enumerate} \end{enumerate}
@ -2500,19 +2500,19 @@ et dont nous ferons usage dans la suite.
\begin{mpo-exemple}[Catégorie des ensembles]\label{def:cat} \begin{mpo-exemple}[Catégorie des ensembles]\label{def:cat}
On note $\cat{Set} = On note $\cat{Set} =
(O_\cat{Set},\khom_\cat{Set},\kid_\cat{Set},\circ_\cat{Set})$ la catégorie des (O_{\cat{Set}},\khom_{\cat{Set}},\kid_{\cat{Set}},\circ_{\cat{Set}})$ la catégorie des
ensembles où: ensembles où:
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $O_\cat{Set}$ est la classe de tous les ensembles, \item $O_{\cat{Set}}$ est la classe de tous les ensembles,
\item $\khom_\cat{Set}(A,B)$ pour deux ensembles $A$ et $B$ est l'ensemble des \item $\khom_{\cat{Set}}(A,B)$ pour deux ensembles $A$ et $B$ est l'ensemble des
fonctions de $A$ dans $B$, fonctions de $A$ dans $B$,
\item $\kid_\cat{Set}(A)$ est la fonction identité pour chaque ensemble $A$, \item $\kid_{\cat{Set}}(A)$ est la fonction identité pour chaque ensemble $A$,
et et
\item $\circ_\cat{Set}$ est l'opérateur de composition de fonctions usuel en \item $\circ_{\cat{Set}}$ est l'opérateur de composition de fonctions usuel en
théorie des ensembles. théorie des ensembles.
\end{enumerate} \end{enumerate}
@ -2521,7 +2521,7 @@ et dont nous ferons usage dans la suite.
\begin{mpo-exemple}[Catégorie des espaces topologiques] \begin{mpo-exemple}[Catégorie des espaces topologiques]
La catégorie des espaces topologiques $\cat{Top}$ a pour objets les espaces La catégorie des espaces topologiques $\cat{Top}$ a pour objets les espaces
topologiques et pour morphismes, les fonctions continues. Pour tout espace topologiques et pour morphismes, les fonctions continues. Pour tout espace
$\Space$, $\kid_\Space$ est la fonction identité (toujours continue). La $\Space$, $\kid_{\Space}$ est la fonction identité (toujours continue). La
composition est la composition de fonctions usuelle dont on peut montrer composition est la composition de fonctions usuelle dont on peut montrer
qu'elle respecte la continuité: toute composition de fonctions continues est qu'elle respecte la continuité: toute composition de fonctions continues est
continue. continue.
@ -2554,9 +2554,9 @@ et dont nous ferons usage dans la suite.
$$ $$
Il est aisé de montrer que Il est aisé de montrer que
$$ $$
\kid_\cat{AMon}(\Phi) = \langle \kid_\cat{Mon}(\Time),\kid_\cat{Set}(E) \rangle \kid_{\cat{AMon}}(\Phi) = \langle \kid_{\cat{Mon}}(\Time),\kid_{\cat{Set}}(E) \rangle
\qquad \qquad
\langle h,f \rangle \circ_\cat{AMon} \langle h',f' \rangle = \langle h \circ_\cat{Mon} h',f \circ_\cat{Set} f' \rangle \langle h,f \rangle \circ_{\cat{AMon}} \langle h',f' \rangle = \langle h \circ_{\cat{Mon}} h',f \circ_{\cat{Set}} f' \rangle
$$ $$
\end{mpo-exemple} \end{mpo-exemple}
@ -2573,9 +2573,9 @@ Soit $\cat{K}$ une catégorie. Deux \objs{K} $A$ et $B$ sont dits
\emph{isomorphes} s'il existe une paire de \mrphs{K} $f:A \rightarrow B$ et $g: \emph{isomorphes} s'il existe une paire de \mrphs{K} $f:A \rightarrow B$ et $g:
B \rightarrow A$ tels que: B \rightarrow A$ tels que:
$$ $$
\kid_A = g \circ_\cat{K} f \kid_A = g \circ_{\cat{K}} f
\qquad\textnormal{ et }\qquad \qquad\textnormal{ et }\qquad
\kid_B = f \circ_\cat{K} g \kid_B = f \circ_{\cat{K}} g
$$ $$
Les morphismes $f$ et $g$ sont qualifiés d'\emph{isomorphismes}. Les morphismes $f$ et $g$ sont qualifiés d'\emph{isomorphismes}.
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
@ -2733,9 +2733,9 @@ morphisme de catégories.
\item $F_1$ associe à chaque \mrph{C} $f : X \rightarrow Y$, un \mrph{D} \item $F_1$ associe à chaque \mrph{C} $f : X \rightarrow Y$, un \mrph{D}
$F_1(f) : F_0(X) \rightarrow F_0(Y)$ de sorte que: $F_1(f) : F_0(X) \rightarrow F_0(Y)$ de sorte que:
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item $F_1(\kid_\cat{C}(X)) = \kid_\cat{D}(F_0(X))$ pour tout \obj{C} \item $F_1(\kid_{\cat{C}}(X)) = \kid_{\cat{D}}(F_0(X))$ pour tout \obj{C}
$X$, et $X$, et
\item $F_1(g \circ_\cat{C} f) = F_1(g) \circ_\cat{D} F_1(f)$ pour tous \item $F_1(g \circ_{\cat{C}} f) = F_1(g) \circ_{\cat{D}} F_1(f)$ pour tous
\mrphs{C} $f : X \rightarrow Y$ et $g : Y \rightarrow Z$. \mrphs{C} $f : X \rightarrow Y$ et $g : Y \rightarrow Z$.
\end{enumerate} \end{enumerate}
\end{itemize} \end{itemize}
@ -2750,7 +2750,7 @@ ci-dessous quelques exemples de foncteurs.
identité} qui envoie chaque \obj{C} sur lui-même et chaque \mrph{C} sur identité} qui envoie chaque \obj{C} sur lui-même et chaque \mrph{C} sur
lui-même. Avec ce foncteur, tous les ingrédients sont présents pour pouvoir lui-même. Avec ce foncteur, tous les ingrédients sont présents pour pouvoir
définir la catégorie \cat{Cat} des catégories. Il convient ainsi de noter définir la catégorie \cat{Cat} des catégories. Il convient ainsi de noter
$\kid_\cat{Cat}(\cat{C})$ (ou encore $1_\cat{C}$) le foncteur identité d'une $\kid_{\cat{Cat}}(\cat{C})$ (ou encore $1_{\cat{C}}$) le foncteur identité d'une
catégorie $\cat{C}$. catégorie $\cat{C}$.
\end{mpo-exemple} \end{mpo-exemple}
@ -2764,29 +2764,29 @@ ci-dessous quelques exemples de foncteurs.
peut définir les foncteurs d'oubli suivants: peut définir les foncteurs d'oubli suivants:
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item $\ftr{U}_\cat{Top}: \cat{Top} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie tout \item $\ftr{U}_{\cat{Top}}: \cat{Top} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie tout
espace topologique $\Space = \langle E_\Space, \Omega_\Space \rangle$ vers espace topologique $\Space = \langle E_{\Space}, \Omega_{\Space} \rangle$ vers
son ensemble support $E_\Space$ (en oubliant la structure décrite par les son ensemble support $E_{\Space}$ (en oubliant la structure décrite par les
ouverts de $\Omega_\Space$), et toute fonction continue vers elle-même; ouverts de $\Omega_{\Space}$), et toute fonction continue vers elle-même;
\item $\ftr{U}_\cat{Mon}: \cat{Mon} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie tout \item $\ftr{U}_{\cat{Mon}}: \cat{Mon} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie tout
monoïde $\Time = \langle D_\Time, 0_\Time, +_\Time \rangle$ vers son monoïde $\Time = \langle D_{\Time}, 0_{\Time}, +_{\Time} \rangle$ vers son
ensemble support $D_\Time$ (en oubliant l'opération de composition entre ses ensemble support $D_{\Time}$ (en oubliant l'opération de composition entre ses
éléments), et tout morphisme de monoïde vers lui-même, en tant que fonction éléments), et tout morphisme de monoïde vers lui-même, en tant que fonction
de l'espace support; de l'espace support;
\item $\ftr{U}_\cat{AMon}: \cat{AMon} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie toute \item $\ftr{U}_{\cat{AMon}}: \cat{AMon} \rightarrow \cat{Set}$ qui envoie toute
action $\Phi: E \times \Time \rightarrow E$ vers son ensemble support défini action $\Phi: E \times \Time \rightarrow E$ vers son ensemble support défini
par: par:
$$ $$
\ftr{U}_\cat{AMon}(\Phi) = \{\; (x,\delta,\Phi(x,\delta)) \mid x \in E, \delta \in \Time \;\} \ftr{U}_{\cat{AMon}}(\Phi) = \{\; (x,\delta,\Phi(x,\delta)) \mid x \in E, \delta \in \Time \;\}
$$ $$
et tout morphisme d'action $\langle h, f \rangle: \Phi \rightarrow \Phi'$ et tout morphisme d'action $\langle h, f \rangle: \Phi \rightarrow \Phi'$
vers la fonction: vers la fonction:
$$ $$
\begin{array}{llll} \begin{array}{llll}
\ftr{U}_\cat{AMon}(\langle h, f \rangle): & \ftr{U}_{\cat{AMon}}(\langle h, f \rangle): &
\ftr{U}_\cat{AMon}(\Phi) & \rightarrow & \ftr{U}_\cat{AMon}(\Phi')\\ \ftr{U}_{\cat{AMon}}(\Phi) & \rightarrow & \ftr{U}_{\cat{AMon}}(\Phi')\\
& (x,t,x') & \mapsto & (f(x), h(t), f(x')) & (x,t,x') & \mapsto & (f(x), h(t), f(x'))
\end{array} \end{array}
$$ $$
@ -2846,7 +2846,7 @@ notion de morphisme, ce que propose la définition suivante.
\item les morphismes entre $f_1:Y_1 \rightarrow X$ et $f_2:Y_2 \rightarrow \item les morphismes entre $f_1:Y_1 \rightarrow X$ et $f_2:Y_2 \rightarrow
X$ sont les $\mrphs{C}$ $g: Y_1 \rightarrow Y_2$ tels que $f_1 = f_2 X$ sont les $\mrphs{C}$ $g: Y_1 \rightarrow Y_2$ tels que $f_1 = f_2
\circ_\cat{C} g$, c'est-à-dire tels que le diagramme suivant commute: \circ_{\cat{C}} g$, c'est-à-dire tels que le diagramme suivant commute:
\begin{center} \begin{center}
\includegraphics[page=10]{model-categories} \includegraphics[page=10]{model-categories}
\end{center} \end{center}
@ -2890,7 +2890,7 @@ Soit $S$ un système représenté par un ensemble de faits de référence
$E_{\model{M}{S}}$. La catégorie $\cat{Abs}_S$ des modèles de $S$ est définie $E_{\model{M}{S}}$. La catégorie $\cat{Abs}_S$ des modèles de $S$ est définie
par: par:
$$ $$
\cat{Abs}_S := (E_{\model{M}{S}} \downarrow \cat{Set})^\mathbf{co} \cat{Abs}_S := (E_{\model{M}{S}} \downarrow \cat{Set})^{\mathbf{co}}
$$ $$
à savoir, l'\emph{opposée de la catégorie des flèches de $\cat{Set}$} au-dessous à savoir, l'\emph{opposée de la catégorie des flèches de $\cat{Set}$} au-dessous
de $E_{\model{M}{S}}$. de $E_{\model{M}{S}}$.
@ -2903,8 +2903,8 @@ Cette définition mérite quelques éléments de clarification.
Les objets de $\cat{Abs}_S$ représentent les modèles de $S$ en accord avec Les objets de $\cat{Abs}_S$ représentent les modèles de $S$ en accord avec
les faits de référence de $E_{\model{M}{S}}$. Par définition, un modèle les faits de référence de $E_{\model{M}{S}}$. Par définition, un modèle
$\modelM$ est construit à partir d'une flèche de $\cat{Set}$ de domaine $\modelM$ est construit à partir d'une flèche de $\cat{Set}$ de domaine
$E_{\model{M}{S}}$. En notant cette flèche $\sigma_\modelM: E_{\model{M}{S}} $E_{\model{M}{S}}$. En notant cette flèche $\sigma_{\modelM}: E_{\model{M}{S}}
\rightarrow E_\modelM$, on retrouve ici la définition informelle de la \rightarrow E_{\modelM}$, on retrouve ici la définition informelle de la
sémantique des modèles que nous avons présentée: une fonction des faits de sémantique des modèles que nous avons présentée: une fonction des faits de
référence vers les faits du modèle. référence vers les faits du modèle.
@ -2912,14 +2912,14 @@ On peut remarquer qu'un même ensemble de faits peut être utilisé par deux
sémantiques différentes. De façon générale, tout ensemble $E$ de $\cat{Set}$ sémantiques différentes. De façon générale, tout ensemble $E$ de $\cat{Set}$
(hormis l'ensemble vide) peut être atteint à partir de $E_{\model{M}{S}}$. De (hormis l'ensemble vide) peut être atteint à partir de $E_{\model{M}{S}}$. De
plus, il apparaîtra dans $\cat{Abs}_S$ autant de fois qu'il existe de fonctions plus, il apparaîtra dans $\cat{Abs}_S$ autant de fois qu'il existe de fonctions
dans $\khom_\cat{Set}(E_{\model{M}{S}},E)$, donnant lieu à autant de modèles dans $\khom_{\cat{Set}}(E_{\model{M}{S}},E)$, donnant lieu à autant de modèles
différents de $S$ pour ce seul ensemble de faits. La catégorie $\cat{Abs}_S$ est différents de $S$ pour ce seul ensemble de faits. La catégorie $\cat{Abs}_S$ est
donc extrêmement riche en modèles. donc extrêmement riche en modèles.
\paragraph{Morphismes de $\cat{Abs}_S$.} \paragraph{Morphismes de $\cat{Abs}_S$.}
%% %%
Si l'on constate que les objets de $\cat{Abs}_S$ formalisent la notion de sémantique des modèles que nous cherchions à mettre en place, ses flèches permettent quant à elles de formaliser la notion d'abstraction. Si l'on constate que les objets de $\cat{Abs}_S$ formalisent la notion de sémantique des modèles que nous cherchions à mettre en place, ses flèches permettent quant à elles de formaliser la notion d'abstraction.
En effet, la définition~\ref{def:abscat} amène à considérer une flèche $\absA:\model{M}{+} \rightarrow \model{M}{-}$, signifiant que le modèle $\model{M}{+}$ est une abstraction du modèle $\model{M}{-}$, pour chaque fonction $f_\absA$ de $E_{\model{M}{-}}$ dans $E_{\model{M}{+}}$ telle que le diagramme suivant commute: En effet, la définition~\ref{def:abscat} amène à considérer une flèche $\absA:\model{M}{+} \rightarrow \model{M}{-}$, signifiant que le modèle $\model{M}{+}$ est une abstraction du modèle $\model{M}{-}$, pour chaque fonction $f_{\absA}$ de $E_{\model{M}{-}}$ dans $E_{\model{M}{+}}$ telle que le diagramme suivant commute:
\begin{center} \begin{center}
\includegraphics[page=13]{model-categories} \includegraphics[page=13]{model-categories}
\end{center} \end{center}
@ -2995,23 +2995,23 @@ structure, n'apportent aucune description supplémentaire du système.
Pour palier à cette absence de structure, notre proposition consiste Pour palier à cette absence de structure, notre proposition consiste
à considérer toute catégorie $\cat{C}$ munie d'un foncteur d'oubli à considérer toute catégorie $\cat{C}$ munie d'un foncteur d'oubli
$\ftr{U}_\cat{C}$ vers $\cat{Set}$ comme la description d'un formalisme. Par $\ftr{U}_{\cat{C}}$ vers $\cat{Set}$ comme la description d'un formalisme. Par
exemple, les modèles dont les ensembles de faits sont des images d'actions de exemple, les modèles dont les ensembles de faits sont des images d'actions de
monoïde par le foncteur $\ftr{U}_\cat{AMon}$, correspondent à la classe des monoïde par le foncteur $\ftr{U}_{\cat{AMon}}$, correspondent à la classe des
modèles dynamiques explicitée définition~\ref{def:moddyna}. modèles dynamiques explicitée définition~\ref{def:moddyna}.
Il est possible d'aller plus loin dans cette proposition. Nous pouvons Il est possible d'aller plus loin dans cette proposition. Nous pouvons
considérer les abstractions issues des images de morphismes par \emph{le même} considérer les abstractions issues des images de morphismes par \emph{le même}
foncteur d'oubli $\ftr{U}_\cat{C}$: ces cas correspondent exactement aux foncteur d'oubli $\ftr{U}_{\cat{C}}$: ces cas correspondent exactement aux
transformations de modèles endogènes au formalisme décrit par $\cat{C}$. transformations de modèles endogènes au formalisme décrit par $\cat{C}$.
%% %%
Illustrons cela pour les modèles dynamiques. Considérons dans $\cat{AMon}$, Illustrons cela pour les modèles dynamiques. Considérons dans $\cat{AMon}$,
$\Phi_-$ et $\Phi_+$ deux actions de monoïde, et $h: \Phi_- \rightarrow $\Phi_-$ et $\Phi_+$ deux actions de monoïde, et $h: \Phi_- \rightarrow
\Phi_+$ un morphisme entre elles. Le cas qui nous intéresse suppose que \Phi_+$ un morphisme entre elles. Le cas qui nous intéresse suppose que
$\ftr{U}_\cat{AMon}$ envoie $\Phi_-$ (respectivement $\Phi_+$) sur l'ensemble $\ftr{U}_{\cat{AMon}}$ envoie $\Phi_-$ (respectivement $\Phi_+$) sur l'ensemble
des faits $E_{\model{M}{-}}$ (respectivement $E_{\model{M}{+}}$) d'un modèle des faits $E_{\model{M}{-}}$ (respectivement $E_{\model{M}{+}}$) d'un modèle
$\model{M}{-}$ (respectivement $\model{M}{+}$) de $\cat{Abs}_S$, de telle sorte $\model{M}{-}$ (respectivement $\model{M}{+}$) de $\cat{Abs}_S$, de telle sorte
que l'image de $\ftr{U}_\cat{AMon}(h) = f_\absA$ pour une flèche d'abstraction que l'image de $\ftr{U}_{\cat{AMon}}(h) = f_{\absA}$ pour une flèche d'abstraction
$\absA: \model{M}{+} \rightarrow \model{M}{-}$: $\absA: \model{M}{+} \rightarrow \model{M}{-}$:
\begin{center} \begin{center}
\includegraphics[page=14]{model-categories} \includegraphics[page=14]{model-categories}
@ -3145,7 +3145,7 @@ $\modelM_2$, plus la restriction sera fine\footnote{La meilleure restriction
sera d'ailleurs obtenue lorsque $\modelM_0$ correspond au produit de $\modelM_2$ sera d'ailleurs obtenue lorsque $\modelM_0$ correspond au produit de $\modelM_2$
et de $\modelM_2$. Cependant, comme nous le verrons dans le paragraphe suivant et de $\modelM_2$. Cependant, comme nous le verrons dans le paragraphe suivant
ce calcul dépend fortement d'une connaissance explicite de $E_{\model{M}{S}}$.}. ce calcul dépend fortement d'une connaissance explicite de $E_{\model{M}{S}}$.}.
On remarquera d'ailleurs que lorsque le modèle $\modelM_0 = \modelM_\bot$, le On remarquera d'ailleurs que lorsque le modèle $\modelM_0 = \modelM_{\bot}$, le
modèle initial (le plus abstrait), la construction se ramène au couplage simple. modèle initial (le plus abstrait), la construction se ramène au couplage simple.
Pour conclure, la somme amalgamée permet de coupler deux modèles en se Pour conclure, la somme amalgamée permet de coupler deux modèles en se

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@ -897,9 +897,9 @@ conventionnels, d'un côté permettant de formaliser les processus biologiques
observés, et de l'autre de les modéliser et de les simuler. observés, et de l'autre de les modéliser et de les simuler.
\begin{mpo-definition}[Configuration] \begin{mpo-definition}[Configuration]
Soit $\oQ$ un ensemble d'états, $G$ un groupe, $c_\oQ : G \rightarrow \oQ$ est Soit $\oQ$ un ensemble d'états, $G$ un groupe, $c_{\oQ} : G \rightarrow \oQ$ est
une \emph{configuration} et $C_\oQ := \{ c \,|\, c:G \rightarrow \oQ \}$ est une \emph{configuration} et $C_{\oQ} := \{ c \,|\, c:G \rightarrow \oQ \}$ est
\emph{l'ensemble de toutes les configurations} $c_\oQ$. Quand le contexte lève \emph{l'ensemble de toutes les configurations} $c_{\oQ}$. Quand le contexte lève
tout ambigüité, on pourra omettre l'indice $\oQ$. tout ambigüité, on pourra omettre l'indice $\oQ$.
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
@ -914,7 +914,7 @@ observés, et de l'autre de les modéliser et de les simuler.
(n_1,n_2,\ldots,n_k)$; (n_1,n_2,\ldots,n_k)$;
\item $f: \oQ^k \rightarrow \oQ$ est la \emph{fonction de transition locale} \item $f: \oQ^k \rightarrow \oQ$ est la \emph{fonction de transition locale}
\end{itemize} \end{itemize}
$f$ induit une fonction de transition globale $F$, $\forall c \in C_\oQ$ et $m $f$ induit une fonction de transition globale $F$, $\forall c \in C_{\oQ}$ et $m
\in M$: \in M$:
\[ F(c)(m) := f(c(m+n_1),c(m+n_2),\ldots,c(m+n_k)) \] \[ F(c)(m) := f(c(m+n_1),c(m+n_2),\ldots,c(m+n_k)) \]
\end{mpo-definition} \end{mpo-definition}
@ -1502,7 +1502,7 @@ partir de ces informations, nous pouvons obtenir les coordonnées des extrémit
\end{align*} \end{align*}
Le critère de collision est simple. Grâce à la forme de la bactérie, il nous Le critère de collision est simple. Grâce à la forme de la bactérie, il nous
faut juste vérifier qu'aucun point du segment $[f_1,b_1]$ n'est à une distance faut juste vérifier qu'aucun point du segment $[f_1,b_1]$ n'est à une distance
inférieure ou égale à $d_\mathrm{min} = r_1+r_2$ d'un point du segment inférieure ou égale à $d_{\mathrm{min}} = r_1+r_2$ d'un point du segment
$[f_2,b_2]$. Aussi, nous commencerons par construire les projections $[f_2,b_2]$. Aussi, nous commencerons par construire les projections
orthogonales restreintes à un segment des pôles $\orr{f}^j_i, \orr{b}^j_i$ d'une orthogonales restreintes à un segment des pôles $\orr{f}^j_i, \orr{b}^j_i$ d'une
bactérie $i$ sur le corps d'une bactérie $j$. bactérie $i$ sur le corps d'une bactérie $j$.
@ -1530,9 +1530,9 @@ les 4 vecteurs de collisions
\orr{n}_{b_{12}} &= \orr{b}^2_1 - \orr{b}_1 & \orr{n}_{b_{21}} &= \orr{b}^1_2 - \orr{b}_2 \orr{n}_{b_{12}} &= \orr{b}^2_1 - \orr{b}_1 & \orr{n}_{b_{21}} &= \orr{b}^1_2 - \orr{b}_2
\end{align*} \end{align*}
dont les normes nous donnent bien la distance entre les corps des bactéries. Si dont les normes nous donnent bien la distance entre les corps des bactéries. Si
$\| \orr{n}_{f_{12}} \| \le d_\mathrm{min}$ ou $\| \orr{n}_{b_{12}} \| \le $\| \orr{n}_{f_{12}} \| \le d_{\mathrm{min}}$ ou $\| \orr{n}_{b_{12}} \| \le
d_\mathrm{min}$ ou $\| \orr{n}_{f_{21}} \| \le d_\mathrm{min}$ ou $\| d_{\mathrm{min}}$ ou $\| \orr{n}_{f_{21}} \| \le d_{\mathrm{min}}$ ou $\|
\orr{n}_{b_{21}} \| \le d_\mathrm{min}$, alors il existe au moins une collision \orr{n}_{b_{21}} \| \le d_{\mathrm{min}}$, alors il existe au moins une collision
entre les deux bactéries. Le point d'impact se trouve sur le segment entre entre les deux bactéries. Le point d'impact se trouve sur le segment entre
le pôle de la première bactérie et son projeté sur le corps de la seconde. le pôle de la première bactérie et son projeté sur le corps de la seconde.
Supposons que la collision ait lieu lorsque les corps des deux bactéries sont au Supposons que la collision ait lieu lorsque les corps des deux bactéries sont au
@ -1680,7 +1680,7 @@ la recherche de collision à un petit groupe de bactéries, contenu dans une
cellule de l'automate. Le nombre de bactéries par cellule $\mathit{nbpc}$ dépend cellule de l'automate. Le nombre de bactéries par cellule $\mathit{nbpc}$ dépend
de plusieurs paramètres: de plusieurs paramètres:
\begin{itemize} \begin{itemize}
\item l'aire minimum d'une bactérie $S_\mathit{min}$ (dépendant de \item l'aire minimum d'une bactérie $S_{\mathit{min}}$ (dépendant de
$l_{\mathit{min}}$ et $r_{\mathit{min}}$); $l_{\mathit{min}}$ et $r_{\mathit{min}}$);
\item l'aire d'une cellule $C_p$ de diffusion du moteur physique. \item l'aire d'une cellule $C_p$ de diffusion du moteur physique.
\end{itemize} \end{itemize}
@ -1691,7 +1691,7 @@ gardons un rapport entier entre les aires des cellules $C_p$ du moteur physique
et $C_c$ du moteur chimique afin que les deux grilles soient toujours alignées. et $C_c$ du moteur chimique afin que les deux grilles soient toujours alignées.
\[ \[
\mathit{nbpc} = \left\lfloor \mathit{nbpc} = \left\lfloor
\displaystyle\frac{C_p}{S_\mathit{min}} \displaystyle\frac{C_p}{S_{\mathit{min}}}
\right\rfloor \right\rfloor
\qquad \text{et} \qquad \qquad \text{et} \qquad
C_p = n_r \times C_c C_p = n_r \times C_c

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@ -25,7 +25,7 @@
\newcommand{\bhv}{\ensuremath{\mathfrak{B}}} \newcommand{\bhv}{\ensuremath{\mathfrak{B}}}
\newcommand{\catOne}{\ensuremath{\mathbf{1}}} \newcommand{\catOne}{\ensuremath{\mathbf{1}}}
\newcommand{\cat}[1]{\ensuremath{\mathbf{#1}}} \newcommand{\cat}[1]{\ensuremath{\mathbf{#1}}}
\newcommand{\catop}[1]{\ensuremath{\mathbf{#1}^\mathbf{op}}} \newcommand{\catop}[1]{\ensuremath{\mathbf{#1}^{\mathbf{op}}}}
\newcommand{\ca}{\ac} \newcommand{\ca}{\ac}
\newcommand{\ccaK}{\ensuremath{\mathcal{K}}} \newcommand{\ccaK}{\ensuremath{\mathcal{K}}}
\newcommand{\ccad}{\ensuremath{\text{dim}}} \newcommand{\ccad}{\ensuremath{\text{dim}}}