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#+TITLE: Introduction à la modélisation biologique avec les réseaux de Petri
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#+LANGUAGE: fr
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#+ATTR_HTML: :alt en anglais :class lang-lifted
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[[file:../en/pn-biomodelling.org][file:../content/imgs/en.png]]
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#+ATTR_HTML: :alt return home :class home
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[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
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Le but de ce cours est de familiariser les étudiants avec les [[https://fr.wikipedia.org/wiki/R%25C3%25A9seau_de_Petri][réseaux
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de Petri]], d'étudier quelques-unes de leurs propriétés, ainsi que de
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montrer les façons dont les réseaux de Petri peuvent être appliqués
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dans le cadre de la modélisation biologique. À la fin de ce cours les
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étudiants sauront modéliser des phénomènes biologiques avec les
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réseaux de Petri (y compris les réseaux de Petri étendus, typiquement
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les réseaux de Petri colorés ou avec des arcs inhibiteurs) et de
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relier leurs propriétés formelles avec les propriétés biologiques du
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système modélisé.
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Ce cours fait partie du cours « Network medicine » (« Médecine de
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réseaux ») enseigné en [[https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/education/master/m2-genomics-informatics-and-mathematics-for-health-and-environment-geniomhe#presentation-m2][Master 2 GENIOMHE]] à l'[[http://www.univ-evry.fr/fr/index.html][Université d'Évry]]. Ce
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cours n'exige pas d'expérience passée d'informatique théorique ou de
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biologie. L'enseignement se fait en anglais.
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Le cours consiste en 4 parties, les 3 premières étudiant les réseaux
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de Petri et leurs propriétés et la dernière étant un TD sur
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machine. Les parties reflètent plutôt les modules logiques du contenu
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enseigné et peuvent ne pas correspondre au déroulement des séances.
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#+ATTR_HTML: :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone :class ccby
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[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]]
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Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative
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Commons Paternité]].
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* Définitions
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Cette partie donne la motivation pour l'introduction des réseaux de
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Petri et définit formellement le modèle ainsi que ses modes
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d'évolution (de dynamique), notamment les modes synchrone et
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asynchrone. Le parallèle entre les réseaux de Petri et la réécriture
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de [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Multiensemble][multiensembles]] est mis en avant.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
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* Extensions
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Cette partie indique quelques limitations de la version de base des
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réseaux de Petri et introduit les extensions classiques, comme les
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couleurs de jetons ou encore les arcs inhibiteurs. Le coût des
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extensions est évalué de façon intuitive par rapport à la
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décidabilité : les variantes plus expressives sont souvent
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indécidables.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-4.pdf][ici]].
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* Propriétés
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Cette partie explore quelques propriétés comportementales et
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structurelles fondamentales des réseaux de Petri. Les propriétés
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comportementales sont abordées en premier puisqu'elles sont plus
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faciles à comprendre. Cette partie inclut quelques exercices qui
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devraient être résolus de façon interactive. Des exercices
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supplémentaires peuvent être donnés au tableau.
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Les diapositives (en anglais) de cette partie se trouvent [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-5.pdf][ici]].
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* Études de cas
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Cette partie est un TD dans lequel les étudiants sont invités à
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utiliser les réseaux de Petri afin de modéliser et analyser deux
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réseaux biologiques simplifiés. L'outil logiciel proposé est le [[http://projects.laas.fr/tina/][TINA
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toolbox]], mais d'autres logiciels peuvent être utilisés.
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La consigne de ce TD se trouve [[file:../content/courses/pn-biomodelling/network-medicine-pn.pdf][ici]].
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* Local Variables :noexport:
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# Local Variables:
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# org-link-file-path-type: relative
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# eval: (auto-fill-mode)
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# ispell-local-dictionary: "fr"
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# End:
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