cytoscape-intro: Add.

en/cytoscape-intro.org

@@ -0,0 +1,33 @@
+#+TITLE: Introduction to Cytoscape
+
+#+LANGUAGE: en
+
+#+ATTR_HTML: :alt in French  :class lang-lifted
+[[file:../fr/cytoscape-intro.org][file:../content/imgs/fr.png]]
+
+#+ATTR_HTML: :alt return home  :class home
+[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
+
+This is a short (3 to 4 hours) lab session in which students learn
+some basic usage patterns of [[http://cytoscape.org/][Cytoscape]], a state of the art tool for
+analysis of biological networks. The lab assignment proposes following
+the [[http://manual.cytoscape.org/en/stable/Basic_Expression_Analysis_Tutorial.html#basic-expression-analysis-tutorial][Cytoscape tutorial]], one of the [[http://manual.cytoscape.org/en/stable/Styles.html#styles-tutorials][tutorials on styles]], and then
+requires the students to use Cytoscape to analyse a signalling pathway
+related to breast cancer and to formulate non-trivial conclusions.
+
+The slides defining the objectives of this lab session can be found
+[[file:../content/courses/cytoscape-intro/cytoscape-beam.pdf][here]].
+
+#+ATTR_HTML:  :alt image of Creative Commons Attribution Alone licence  :class ccby
+[[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][file:../content/imgs/ccby.png]]
+
+The materials of this course are distributed under the [[https://en.wikipedia.org/wiki/Creative_Commons_license][Creative
+Commons Attribution Alone licence]].
+
+
+* Local Variables                                                  :noexport:
+  # Local Variables:
+  # org-link-file-path-type: relative
+  # eval: (auto-fill-mode)
+  # ispell-local-dictionary: "en"
+  # End:

en/home.org

@@ -65,7 +65,7 @@ Jump to:
   - [[file:os-ueve.org][operating systems]]
   - [[file:alife-intro.org][a very quick introduction to artificial life]]
   - [[file:pn-biomodelling.org][Petri nets for biomodelling]]
-  - introduction to Cytoscape
+  - [[file:cytoscape-intro.org][introduction to Cytoscape]]
   - To Git or Not to Git
   - Haskell for Life
   - operating systems and networks

fr/cytoscape-intro.org

@@ -0,0 +1,34 @@
+#+TITLE: Introduction à Cytoscape
+
+#+LANGUAGE: fr
+
+#+ATTR_HTML: :alt en anglais  :class lang-lifted
+[[file:../en/cytoscape-intro.org][file:../content/imgs/en.png]]
+
+#+ATTR_HTML: :alt return home  :class home
+[[file:home.org][file:../content/imgs/home.png]]
+
+Cette introduction vise à familiariser rapidement (un TP de 3 ou 4
+heures) les étudiants avec l'usage de base de [[http://cytoscape.org/][Cytoscape]], un outil
+puissant d'analyse de réseaux biologiques. Les étudiants sont invités
+à suivre le [[http://manual.cytoscape.org/en/stable/Basic_Expression_Analysis_Tutorial.html#basic-expression-analysis-tutorial][tutoriel de Cytoscape]], puis l'un des [[http://manual.cytoscape.org/en/stable/Styles.html#styles-tutorials][tutoriels sur les
+styles]], et ensuite à utiliser Cytoscape afin d'analyser une voie de
+signalisation impliquée dans le cancer du sein et de formuler des
+conclusions non triviales.
+
+Les slides (en anglais) définissant les objectifs de ce TP se trouvent
+[[file:../content/courses/cytoscape-intro/cytoscape-beam.pdf][ici]].
+
+#+ATTR_HTML:  :alt image de la licence Creative Commons Attribution Alone  :class ccby
+[[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][file:../content/imgs/ccby.png]]
+
+Les matériaux de ce cours sont distribués sous la [[https://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_Creative_Commons][licence Creative
+Commons Paternité]].
+
+
+* Local Variables                                                  :noexport:
+  # Local Variables:
+  # org-link-file-path-type: relative
+  # eval: (auto-fill-mode)
+  # ispell-local-dictionary: "fr"
+  # End:

fr/home.org

@@ -68,7 +68,7 @@ Liens rapides :
   - [[file:os-ueve.org][systèmes d'exploitation]]
   - [[file:alife-intro.org][une introduction très rapide à la vie artificielle]]
   - [[file:pn-biomodelling.org][réseaux de Petri pour la biomodélisation]]
-  - introduction à Cytoscape
+  - [[file:cytoscape-intro.org][introduction à Cytoscape]]
   - To Git or Not to Git
   - Haskell for Life
   - introduction au systèmes d'exploitation et réseaux