Add Noémie's internship.

bib/sivanov-extra.bib

@@ -1,3 +1,17 @@
+@article{Alhazov2023,
+title = {Numerical networks of cells},
+journal = {Theoretical Computer Science},
+volume = {958},
+pages = {113873},
+year = {2023},
+issn = {0304-3975},
+doi = {https://doi.org/10.1016/j.tcs.2023.113873},
+url = {https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030439752300186X},
+author = {Artiom Alhazov and Rudolf Freund and Sergiu Ivanov and Sergey Verlan},
+keywords = {Membrane computing, Natural computing, Numerical P systems, Reaction systems, Spiking neural P systems, Fuzzy P systems},
+abstract = {Numerical P systems (NPS) are a very particular class of P systems having important differences from most models in this area. The main particularity of the model is the usage of numerical variables whose values are shared among applicable rules, contrary to the concurrence for objects in the multiset for the traditional P systems case. In 2007, Freund and Verlan developed a formal framework for P systems to capture most of the essential features of P systems and to define their functioning in a formal way. Subsequent papers developed versions of this framework for the case of spiking neural P systems and P systems with dynamically evolving structure. These results permitted to obtain a different view on P systems giving a general framework to analyze, relate and extend different variants of P systems and other related models, like Petri nets or register machines. This paper aims to provide a similar generalization for the case of numerical P systems (NPS) and related variants like enzymatic or generalized NPS. We call the obtained model Numerical Networks of Cells (NNC). As in the case of the formal framework it allows to accurately describe NPS, as well as other types of P systems like those using fuzzy sets as computation support. Also, the new model generalizes other well-known models like Boolean networks or reaction systems and this can potentially help to bring bridges between P systems and these areas.}
+}
+
 @techreport{AlhazovFI2016,
 author={Artiom Alhazov and Rudolf Freund and Sergiu Ivanov},
 title={Polymorphic P Systems: A Survey},

dossier-notes.org

@@ -10,8 +10,8 @@
   increasingly important.
 
 * Updating the dossier
-  1. [ ] Download my latest bibliography from DBLP and put it into
-     [[file:bib/sivanov.bib][bib/sivanov.bib]].
+  1. [ ] Download my latest bibliography [[https://dblp.uni-trier.de/pid/49/9126-1.html][from DBLP]] and put it into
+     [[file:bib/sivanov-dblp.bib][bib/sivanov-dblp.bib]].
   2. [ ] Add the publications which are not indexed on DBLP to
      [[file:bib/sivanov-extra.bib][bib/sivanov-extra.bib]].
   3. [ ] Update the numbers at the top of the section about
@@ -49,8 +49,8 @@
     including him), =hdr_verlan.bib= (citations of Sergey's own work
     in his HDR).
 
-  Additionally, =sivanov.bib= corresponds to the latest export of by
-  bibliography from [[https://dblp.uni-trier.de/pers/hd/i/Ivanov_0001:Sergiu][DBLP]], while =sivanov-extra.bib= lists some
+  Additionally, =sivanov-dblp.bib= corresponds to the latest export of
+  by bibliography from [[https://dblp.uni-trier.de/pers/hd/i/Ivanov_0001:Sergiu][DBLP]], while =sivanov-extra.bib= lists some
   publications which are not tracked on DBLP.
 
 * My CV in French

publications.tex

@@ -22,10 +22,10 @@
   type=thesis or type=report
 }
 
-\begin{refsection}[bib/sivanov.bib,bib/sivanov-extra.bib]
+\begin{refsection}[bib/sivanov-dblp.bib,bib/sivanov-extra.bib]
 \section{Publications et communications}
 J'ai rédigé ou participé à la
-rédaction de 72 publications, dont 36 dans des revues internationales
+rédaction de 76 publications, dont 37 dans des revues internationales
 et 28 à des manifestations internationales avec comité de sélection et
 publication des actes. Cette section contient une liste complète de
 mes publications, par catégorie.

recherche.tex

@@ -9,7 +9,7 @@
   bib/programming.bib,
   bib/algebra.bib,
   bib/complex-sys.bib,
-  bib/sivanov.bib,
+  bib/sivanov-dblp.bib,
   bib/sivanov-extra.bib,
   bib/evry.bib
 ]
@@ -747,6 +747,39 @@ de sorte à augmenter l'efficacité du traitement.
 
 \subsection{Encadrement de stages de recherche et développement}
 
+\subsubsection{Auto-assemblage de formes tridimensionnelles par
+  origami en ADN}
+\noindent
+\hspace{2.7mm}
+{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
+\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
+  Stagiaires : & \emph{Noémie \textsc{Harmand}, Université d'Évry} \\
+  Type : & stage de L3 (double licence bioinfo) \\
+  Durée : & mai--juin 2023
+\end{tabularx}
+}
+
+Concevoir des structures pour l'auto-assemblage en ADN présente de
+nombreux défis, à toutes les étapes. Déjà au moment de la conception
+théorique des séquences d'ADN, il est très pratique d'utiliser
+l'approche par origami en ADN. En effet, dans le cas d'origami en ADN,
+la forme finale est obtenue en pliant un long brin d'ADN – le scaffold
+– qui ne s'autohybride pas. Étant donné un cheminement du scaffold
+dans la figure, les séquences des agrafes peuvent être déduites par
+complémentarité des domaines correspondants du scaffold. De surcroît,
+les agrafes ont peu de chance de s'hybrider entre elles, étant donné
+que le scaffold lui-même ne s'auto-hybride pas. En revanche, cheminer
+le scaffold est difficile, notamment dans les
+structures tridimensionnelles.
+
+Le point de départ pour ce stage sera une structure de 3 cubes
+superposés dans une pile, conçue dans la logiciel ENSnano. Cette
+structure, que nous testerons dans des tubes à essai, présente
+quelques défauts. L'objectif du stage sera d'interpréter les résultats
+de la manipulation d'auto-assemblage, d'améliorer la structure, et de
+généraliser sous forme l'algorithme ou ensemble d'heuristiques les
+pistes d'amélioration trouvées.
+
 \subsubsection{Stratégies de navigation efficace dans le millefeuille
   évolutionnaire}
 \noindent
@@ -827,7 +860,7 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre
 formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des
 systèmes à membranes.
 
-\subsection{Transitions de phase dans les systèmes complexes}
+\subsubsection{Transitions de phase dans les systèmes complexes}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}
 {\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
@@ -878,7 +911,7 @@ recherche. Dans un second temps, le stagiaire développera un prototype
 de simulateur de réseaux booléens en Racket : un langage de
 programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
 
-\subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN}
+\subsubsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}
 {\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
@@ -920,7 +953,7 @@ abstract Tile Assembly Model. À l'issue de cette lecture, le stagiaire
 développera un prototype de simulateur de modèle aTAM en Racket : un
 langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
 
-\subsection{Auto-assemblage d'ADN et les grammaires de tableaux}
+\subsubsection{Auto-assemblage d'ADN et les grammaires de tableaux}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}
 {\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%