From dcedaf10c88a4357a7e95fb4ccadfc655370f104 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Sergiu Ivanov <sivanov@colimite.fr>
Date: Mon, 10 May 2021 14:17:49 +0200
Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?Add=20the=20internship=20on=20Millefeuille=20?=
 =?UTF-8?q?=C3=A9volutionnaire.?=
MIME-Version: 1.0
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 recherche.tex | 40 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
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index 8df318d..306bd1e 100644
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@@ -740,6 +740,46 @@ de sorte à augmenter l'efficacité du traitement.
 
 \subsection{Encadrement de stages de recherche et développement}
 
+\subsubsection{Millefeuille évolutionnaire : une nouvelle formalisation de l'évolution}
+\noindent
+\hspace{2.7mm}
+{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
+\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
+  Stagiaires : & \emph{Rémy \textsc{Défossez}, ENS Paris} \\
+  Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\
+  Durée : & 15 juin--15 août 2021
+\end{tabularx}
+}
+
+La pression évolutionnaire rend certaines fonctions plus ou moins
+pertinentes, et la plasticité des organismes suit en augmentant ou en
+réduisant l'ensemble de différentes réalisations. Pour une espèce
+donnée et à chaque moment de temps donné, nous pouvons établir une
+image arrêtée de fonctions et de différents réseaux qui les
+réalisent. Cette image évolue dans le temps, donnant lieu à un
+\emph{millefeuille évolutionnaire} d'espaces de réseaux et de
+fonctions associées. Il est possible de retrouver des fonctions très
+similaires dans les couches adjacentes et de comparer les sous-espaces
+des réseaux correspondants. Ces sous-espaces s'alignent dans des tubes
+évolutionnaires, dont la topologie représente la trace d'une fonction
+donnée et des réseaux d'interactions associés dans l'historique d'une
+espèce. Le millefeuille évolutionnaire est ainsi une construction
+similaire aux paysages épigénétiques de Waddington.
+
+Ce travail de stage pourra s'organiser dans les trois grandes étapes
+suivantes :
+\begin{enumerate}
+\item Définir formellement le \emph{millefeuille évolutionnaire} comme
+  une suite infinie de réseaux booléens reliés par des
+  liens évolutionnaires.
+\item Définir formellement les \emph{tubes évolutionnaires} comme des suites
+  infinies de fonctions identifiables dans les couches adjacentes du
+  millefeuille évolutionnaire, et bénéficiant d'un degré de
+  similarité élevé.
+\item Commencer l'exploration de la \emph{complexité} des tubes
+  évolutionnaires en se fondant sur les travaux précédents.
+\end{enumerate}
+
 \subsubsection{Évolution artificielle des réseaux booléens à signe}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}