From d7e4310280c4ea48f36faf74a9cff1912c69d677 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Sergiu Ivanov <sivanov@colimite.fr>
Date: Wed, 25 Dec 2024 18:47:45 +0100
Subject: [PATCH] Add Yasmine Lounis's internship.

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 recherche.tex | 53 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
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@@ -808,6 +808,59 @@ de sorte à augmenter l'efficacité du traitement.
 
 \subsection{Encadrement de stages de recherche et développement}
 
+\subsubsection{Modélisation de la transdifférenciation neuroendocrine
+  en tant que mécanisme de résistance : l’inhibition de la voie du
+  récepteur aux androgènes dans le cancer de la prostate métastatique
+  résistant à la Castration}
+\noindent
+\hspace{2.7mm}
+{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
+\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
+  Stagiaires : & \emph{Yasmine \textsc{Lounis}, Université de Lille} \\
+  Type : & stage de M2 Bioinformatique, parcours Omics and Systems Biology \\
+  Durée : & février--juillet 2023
+\end{tabularx}
+}
+
+Le cancer de la prostate métastatique résistant à la castration
+(mCRPC) représente une phase avancée et difficile à traiter de la
+maladie. Malgré l’efficacité initiale des inhibiteurs des récepteurs
+androgéniques (ARPi), 25\% des patients présentent une résistance
+primaire à ces thérapies et le reste des patients bénéficiant des ARPi
+développeront une résistance acquise. Les mécanismes impliqués dans la
+résistance au ARPi restent peu connus. Il a été décrit que dans 15\%
+à 20\% des cas l’acquisition de la résistance est accompagnée d’une
+transdifférenciation d’un phénotype luminal vers un phénotype
+neuroendocrine (NEPC). Les NEPC sont des tumeurs particulièrement
+agressives et avec peu d’options thérapeutiques. La
+transdifférenciation NE est caractérisée par une plasticité cellulaire
+et une reprogrammation transcriptionnelle, constituant un mécanisme
+d’adaptation majeur. Il a été décrit dans la littérature que certains
+facteurs génétiques pourraient être impliqués tels que des événements
+de co-altérations dans les gènes TP53, RB1 et PTEN5. Ces
+co-altérations restent cependant rares dans les cohortes de patients
+et les dynamiques transcriptionnelles sous-jacentes et les facteurs
+conduisant à ce phénotype restent mal compris. Dans le cadre de
+l’essai clinique MATCH-R, qui s’intéresse aux mécanismes de
+résistances aux ARPi nous avons collecté des biopsies de patients
+avant traitement et à l’acquisition de la résistance et généré des
+données moléculaires (RNAseq et WES).
+
+L’objet de ce stage est de définir un modèle de réseau booléen
+incluant les différents gènes impliqués dans le cancer de la prostate
+afin de mener une analyse causale de la transdifférenciation du
+phénotype luminal vers le phénotype neuroendocrine en se fondant sur
+la plateforme logicielle ActONet. En s’appuyant sur ce modèle, nous
+explorerons des scénarios capables d’empêcher cette
+transdifférenciation en s’aidant d’outils de controllabilité8,9, ce
+qui anticiperait des traitements contre la résistance.
+
+L’étudiant recherché aura un profil de bio-informaticien intéressé par
+les études ayant une portée médicale. Il bénéficiera d’un encadrement
+interdisciplinaire réunissant des membres de l’Institut Gustave Roussy
+et du laboratoire IBISC avec des compétences en cancérologie et
+en informatique.
+
 \subsubsection{Auto-assemblage de formes tridimensionnelles par
   origami en ADN}
 \noindent