Talk about P systems.

bib/psystems.bib

@@ -67,7 +67,7 @@ language={English}
   howpublished = {\url{http://ppage.psystems.eu/}}
 }
 
-@book{păun2002membrane,
+@book{paun2002membrane,
   title={Membrane Computing: An Introduction},
   author={P{\u{a}}un, Gheorghe},
   isbn={9783540436010},
@@ -145,3 +145,19 @@ pages={271-284}
  address = {Hingham, MA, USA},
  keywords = {Computational complexity, Membrane computing, Register machines}
 }
+
+@incollection{FLGPVZ2014,
+year={2014},
+isbn={978-3-642-54238-1},
+booktitle={Membrane Computing},
+volume={8340},
+series={Lecture Notes in Computer Science},
+editor={Alhazov, Artiom and Cojocaru, Svetlana and Gheorghe, Marian and Rogozhin, Yurii and Rozenberg, Grzegorz and Salomaa, Arto},
+doi={10.1007/978-3-642-54239-8_13},
+title={Flattening in (Tissue) P Systems},
+url={http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-54239-8_13},
+publisher={Springer Berlin Heidelberg},
+author={Freund, Rudolf and Leporati, Alberto and Mauri, Giancarlo and Porreca, Antonio E. and Verlan, Sergey and Zandron, Claudio},
+pages={173-188},
+language={English}
+}

recherche.tex

@@ -214,17 +214,110 @@ correspondance directe avec les systèmes de réécriture de
 multiensembles permet de formuler immédiatement les mêmes résultats
 pour ceux-ci.
 
+\subsection{Travaux hors thèse}
+Avant le début de ma thèse et pendant mon doctorat j'ai travaillé sur
+des problèmes qui n'étaient pas directement reliés à ceux qui sont
+exposés dans le manuscrit. Ces travaux se situent également dans le
+cadre du calcul naturel et de la théorie des langages formels. Je me
+suis premièrement concentré sur les systèmes à membranes ({\em
+  membrane systems}) qui sont un modèle inspiré par la structure et
+fonctionnement de la cellule biologique. J'ai aussi travaillé sur les
+systèmes à réactions ({\em reaction systems}) qui représentent une
+abstraction formelle d'un réacteur biochimique. Finalement, j'ai
+participé à des travaux dans le domaine des grammaires de tableaux
+({\em array grammars}), un modèle qui étend les grammaires classiques
+à la réécriture des parties des tableaux.
+
+\subsubsection{Systèmes à membranes}
+Le modèle des systèmes à membranes a été introduit par Gheorghe Păun
+qui s'est inspiré de la nature et du fonctionnement de la cellule
+vivante~\cite{Paun98computingwith,paun2002membrane,Paun:2010:OHM:1738939}. Un
+système à membranes est un ensemble de compartiments imbriqués les uns
+dans les autres et délimités par des membranes ; une membrane contient
+un multiensemble d'objets, chacun desquels représente une molécule
+biochimique. Les interactions entre les molécules sont modélisées par
+l'action des règles de réécriture de multiensembles.  Même si les
+systèmes à membranes sont essentiellement des systèmes de réécriture
+parallèle de multiensembles~\cite{FLGPVZ2014}, ils représentent la
+cellule vivante de façon naturelle ce qui donne un outil clair et
+puissant pour la modélisation des processus biologiques et plus
+généralement des systèmes dynamiques complexes.
+
+Les thématiques que j'ai abordées dans ma recherche sur des systèmes à
+membranes se divisent principalement en trois groupes :
+\begin{itemize}
+\item la création des outils performants et flexibles de simulation
+  des systèmes à membranes,
+\item développement des algorithmes distribués qui peuvent être
+  ensuite implémentés dans des systèmes biologiques,
+\item étude de la puissance de calcul des différentes variantes
+  étendues du modèle de base.
+\end{itemize}
+
+La création d'un simulateur de systèmes à membranes a toujours été une
+question très pertinente qui a attiré beaucoup d'efforts de la part
+des chercheurs dans le domaine. Un tel simulateur est un outil
+essentiel qui permet de tester si une construction concrète réalise le
+comportement désiré. J'ai participé à ce travail en développant un
+simulateur avec des moteurs des simulations échangeables pouvant être
+réalisés en des langages différents. J'ai notamment fourni un moteur
+de simulation utilisant la technologie OpenCL de programmation
+parallèle sur les cartes graphiques et un autre, plus flexible mais
+moins performant, implémenté en Haskell.
+
+En ce qui concerne le développement des algorithmes distribués, je me
+suis tout d'abord focalisé sur les modèles de systèmes à membranes
+sans horloge ({\em clock-free membrane systems}), dans lesquels chaque
+application d'une règle peut durer un temps réel arbitraire. L'absence
+de l'horloge globale rapproche le modèle des systèmes parallèles
+composés d'un certain nombre de processus qui interagissent. Dans mon
+travail, j'ai exprimé les mécanismes de synchronisation en termes de
+règles de réécriture de multiensembles et j'ai montré comment ces
+mécanismes pouvaient être utilisés pour la résolution des problèmes de
+concurrence classiques.
+
+Nous avons continué l'exploration des algorithmes distribués en
+implémentant les chaînages avant et arrière ({\em forward and backward
+  chaining}) dans les systèmes à membranes actives, c'est-à-dire les
+systèmes dans lesquels les membranes peuvent se diviser. Le chaînage
+avant est une méthode de déduction qui applique des implications
+logiques en partant des prémisses pour en déduire de nouvelles
+conclusions. Le chaînage avant consiste donc à construire toutes les
+conclusions déductibles à partir des axiomes jusqu'à ce que la
+proposition cible est obtenue. Par opposition, le chaînage arrière
+part des conclusions pour essayer de remonter aux axiomes. Le chaînage
+arrière a souvent tendance à explorer moins de possibilités et est
+préféré dans les cas d'utilisation pratiques. Il est remarquable que
+les implications logiques se prêtent à une représentation naturelle en
+termes de règles de réécriture de multiensembles ; or c'est de cette
+similarité que nos constructions profitent. De plus nos
+implémentations bénéficient du parallélisme intrinsèque aux systèmes à
+membranes.
+
+Concernant les variations du modèle de base, nous avons proposé une
+extension assez naturelle qui permet aux systèmes à membranes de se
+modifier eux-mêmes. Dans le cadre de ce genre de système, les règles
+de réécriture sont données par le contenu de certaines pairs de
+membranes. Il est ainsi possible de modifier les règles au cours de
+l'évolution du système en rajoutant ou en supprimant des objets des
+membranes qui définissent ces règles. Nous avons donné à ces systèmes
+l'appellation de systèmes polymorphes ({\em polymorphic membrane
+  systems}) et nous avons montré que le polymorphisme permettait de
+calculer des fonctions exponentielles avec des règles relativement
+simples. Je me suis ensuite intéressé à la puissance de calcul de
+systèmes polymorphes dans leur version la plus élémentaire et j'ai
+démontré quelques résultats concernant les bornes inférieures et
+supérieures de la famille des langages qu'ils peuvent engendrer. J'ai
+prouvé également l'existence d'une hiérarchie infinie dans cette
+famille des langages.
+
 \begin{itemize}
 \item systèmes à membranes,
 \item systèmes à réactions,
 \item grammaires de tableaux.
 \end{itemize}
 
-Les sujets de recherche que j'ai abordé sont le 
-
-travaux de thèse
-
-travaux hors thèse
+automate cellulaires
 
 programmation