From 56d37da9327b91b296df5fac7ac4404baef5a7fc Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Sergiu Ivanov <sivanov@colimite.fr>
Date: Wed, 11 May 2022 12:48:58 +0200
Subject: [PATCH] Add Idriss's internship.

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 recherche.tex | 42 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
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index 1b4adcf..84f61a6 100644
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@@ -824,6 +824,48 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre
 formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des
 systèmes à membranes.
 
+\subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN}
+\noindent
+\hspace{2.7mm}
+{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}%
+\begin{tabularx}{\textwidth}{l X}
+  Stagiaire : & \emph{Idriss \textsc{Ben Saïd}, Université d'Évry} \\
+  Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\
+  Durée : & 19 avril–13 juin 2022
+\end{tabularx}
+}
+
+Les molécules d’ADN sont des polymères de 4 nucléotides et s’associent
+souvent dans une double hélice, maintenue ensemble par les liaisons
+hydrogène selon la célèbre complémentarité établie par James Watson et
+Francis Crick en 1953. Cette structure est très robuste et peut former
+des séquences repliées sur elles-mêmes dans les chromosomes contenant
+des centaines de millions de paires de nucléotides.  Au-delà du
+maintien fiable de l'information génétique, la complémentarité de
+Watson-Crick définit également un comportement dynamique très
+particulier : l'auto-assemblage. Si deux brins d'ADN libres possèdent
+des sous-séquences complémentaires, les segments correspondants
+pourront s'associer spontanément, pliant les segments non
+complémentaires et engendrant ainsi diverses formes.
+
+Paul W.K. Rothemund et Erik Winfree ont développé la méthode
+d'auto-assemblage suivante : en repliant des brins d'ADN, ils ont été
+capables de fabriquer des « pièces » (d'une taille de l'ordre du
+nanomètre) interagissant entre elles pour former un « puzzle ». Ainsi,
+il suffit de se concentrer sur la conception de pièces simples et de
+les laisser s'organiser d'elles-mêmes en une forme plus complexe.
+
+L'objectif de ce stage d'initiation à la recherche sera tout d'abord
+de lire l'article fondateur « Folding DNA to create nanoscale shapes
+and patterns » de Paul W.K. Rothemund (Nature) pour se familiariser
+avec quelques aspects pratiques de nanotechnologies en ADN. Ensuite,
+le stagiaire étudiera le travail « The program-size complexity of
+self-assembled path is decidable » de P.É. Meunier, D. Regnault,
+D. Woods (STOC 2020), qui décrit formellement le modèle aTAM :
+abstract Tile Assembly Model. À l'issue de cette lecture, le stagiaire
+développera un prototype de simulateur de modèle aTAM en Racket : un
+langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp.
+
 \subsubsection{Millefeuille évolutionnaire : une nouvelle formalisation de l'évolution}
 \noindent
 \hspace{2.7mm}