diff --git a/recherche.tex b/recherche.tex index 1b4adcf..84f61a6 100644 --- a/recherche.tex +++ b/recherche.tex @@ -824,6 +824,48 @@ généraux de toute sorte. L'objectif de ce stage est d'établir un cadre formel général pour la contrôlabilité des réseaux booléens à base des systèmes à membranes. +\subsection{Simulation logicielle de modèles d'auto-assemblage d'ADN} +\noindent +\hspace{2.7mm} +{\renewcommand{\arraystretch}{1.3}% +\begin{tabularx}{\textwidth}{l X} + Stagiaire : & \emph{Idriss \textsc{Ben Saïd}, Université d'Évry} \\ + Type : & stage de L3 d'initiation à la recherche \\ + Durée : & 19 avril–13 juin 2022 +\end{tabularx} +} + +Les molécules d’ADN sont des polymères de 4 nucléotides et s’associent +souvent dans une double hélice, maintenue ensemble par les liaisons +hydrogène selon la célèbre complémentarité établie par James Watson et +Francis Crick en 1953. Cette structure est très robuste et peut former +des séquences repliées sur elles-mêmes dans les chromosomes contenant +des centaines de millions de paires de nucléotides. Au-delà du +maintien fiable de l'information génétique, la complémentarité de +Watson-Crick définit également un comportement dynamique très +particulier : l'auto-assemblage. Si deux brins d'ADN libres possèdent +des sous-séquences complémentaires, les segments correspondants +pourront s'associer spontanément, pliant les segments non +complémentaires et engendrant ainsi diverses formes. + +Paul W.K. Rothemund et Erik Winfree ont développé la méthode +d'auto-assemblage suivante : en repliant des brins d'ADN, ils ont été +capables de fabriquer des « pièces » (d'une taille de l'ordre du +nanomètre) interagissant entre elles pour former un « puzzle ». Ainsi, +il suffit de se concentrer sur la conception de pièces simples et de +les laisser s'organiser d'elles-mêmes en une forme plus complexe. + +L'objectif de ce stage d'initiation à la recherche sera tout d'abord +de lire l'article fondateur « Folding DNA to create nanoscale shapes +and patterns » de Paul W.K. Rothemund (Nature) pour se familiariser +avec quelques aspects pratiques de nanotechnologies en ADN. Ensuite, +le stagiaire étudiera le travail « The program-size complexity of +self-assembled path is decidable » de P.É. Meunier, D. Regnault, +D. Woods (STOC 2020), qui décrit formellement le modèle aTAM : +abstract Tile Assembly Model. À l'issue de cette lecture, le stagiaire +développera un prototype de simulateur de modèle aTAM en Racket : un +langage de programmation fonctionnelle typé de la famille Lisp. + \subsubsection{Millefeuille évolutionnaire : une nouvelle formalisation de l'évolution} \noindent \hspace{2.7mm}