Notes de relecture de Hannah

partie-activite.tex

@@ -1235,7 +1235,7 @@ différentes itérations.
 Comme on pourrait s'y attendre, la nature d'une simulation d'\ald\ est bien
 différente de l'exemple précédent. On décèle moins bien la vague d'activité que
 dans la propagation d'un feu de forêt. Néanmoins, les mêmes principes sont
-utilisés sur l'exemple de l'\ald\ et les résultats sont présenté juste après.
+utilisés sur l'exemple de l'\ald\ et les résultats sont présentés juste après.
 
 L'algorithme utilisé pour suivre l'évolution de l'activité doit prendre en
 compte l'interaction entre deux cellules voisines : il doit d'abord en filtrer

partie-conclusion.tex

@@ -21,7 +21,7 @@ apparu nécessaire de considérer un modèle de référence pour définir
 une flèche d'abstraction entre deux modèles : le modèle de référence
 se présente comme le lien au système étudié, et peut être un modèle
 expérimental. Nous avons également étudié l'expression formelle d'une
-composition entre deux modèles. Ces définitions nous ont permi d'établir une
+composition entre deux modèles. Ces définitions nous ont permis d'établir une
 construction cohérente constituée de plusieurs modèles en relation les uns
 avec les autres fournissant aussi une première partie concrète de réponse
 au problème de la construction de modèles constitués de sous-modèles en
@@ -78,7 +78,7 @@ work-packages, WP2 (chapitre~\ref{chap:partie-activite}) et WP3
     est un candidat idéal pour ce rôle.
     % Raison 1: Collection topologiques
     Tout d'abord, \mgs est construit sur les collections topologiques, une
-    structure de donnée dans lequel l'espace est traité explicitement.
+    structure de donnée dans laquelle l'espace est traité explicitement.
     Il dispose d'une primitive spatiale s'appliquant à toute collection
     topologique: l'opérateur de voisinage «\ç{,}».
     %Reformulé avec les concepts du chapitre~\ref{chap:partie-multi-modele}, .
@@ -114,7 +114,7 @@ work-packages, WP2 (chapitre~\ref{chap:partie-activite}) et WP3
     % Raison 2: Simulation efficace
     Ensuite, nous avons fait en sorte que \otb soit le plus efficace possible,
     en utilisant le parallélisme à disposition dans les cartes graphiques
-    grand public. Nous pouvons attendre en quelques minutes des population de
+    grand public. Nous pouvons atteindre en quelques minutes une population de
     l'ordre des \num{E5} bactéries interagissant les unes avec les autres.
     % Raison 3: OTB vu comme une collection topologique de MGS
     Finalement, et même si cet objectif n'est pas encore atteint au moment

partie-introduction.tex

@@ -36,7 +36,7 @@ propriétés des modèles présentés, il n'y a pas de «glider» dans le modèl
 jeu de la vie, il n'y a pas de «leader» dans le modèle des boids ni de «plus
 court chemin» dans le modèle de la fourmilière. Ce sont des interprétations qui
 sont faites sur le déroulement d'une simulation, des propriétés d'un modèle
-\emph{implicite} que l'observateur établi de lui-même. Rendre explicite ce
+\emph{implicite} que l'observateur établit de lui-même. Rendre explicite ce
 modèle puis lier formellement ces propriétés émergentes au modèle d'origine est
 un enjeu de taille, car il permettrait de relier tout ensemble de propriétés
 \emph{locales} à des propriétés \emph{globales}, c'est-à-dire des propriétés des
@@ -166,7 +166,7 @@ Notre première hypothèse est que des modèles informatiques discrets sont
 adéquats pour décrire des biosystèmes et parfois plus pertinents que des
 approches mathématiques traditionnelles comme les équations différentielles.
 Cette hypothèse est corroborée par l'important développement actuel des
-formalismes informatiques dans le domaine la biologie des systèmes. En
+formalismes informatiques dans le domaine de la biologie des systèmes. En
 particulier, ces formalismes sont plus à même de capturer de manière concise
 les aspects qualitatifs et quantitatifs des grands réseaux d'interactions
 biochimiques impliqués dans les processus biologiques. Ces formalismes
@@ -244,7 +244,7 @@ Dans cette section nous présentons brièvement les objectifs de ce manuscrit et
 les chapitres qui le composent afin de donner au lecteur une vue d'ensemble des
 résultats obtenus.
 
-Comment nous l'avons vu, nos travaux sont ancrés dans le contexte du projet
+Comme nous l'avons vu, nos travaux sont ancrés dans le contexte du projet
 \synbiotic. Nous avons contribué aux WP2 (chapitre 3) et au WP3 (chapitre 4).
 Nous avons également dépassé le cadre du projet en nous intéressant de plus près
 à la nature des modèles (mathématiques) et à la définition de la modélisation
@@ -339,7 +339,7 @@ thèse.
 \item participation au workshop SCW14 attaché à la conférence AAMAS qui s'est
   tenu à Paris du 5 au 9 mai 2014;
 \item participation au workshop 228 de l'INSERM intitulé : «Experimental
-  approaches in mechanotransduction: from molecules to tissues and pathology»,
+  approaches in mechanotransduction: from molecules to issues and pathology»,
   du 21 au 23 Mai à Bordeaux, France;
 \item présentation d'un tutoriel \MGS à la conférence ICCSA 2014, le 24 Juin
   au Havre, France;

partie-multi-modele.tex

@@ -112,7 +112,7 @@ La \emph{modélisation multi-niveau} est un terme que nous avons adopté pour
 rendre compte des techniques de modélisation couplant plusieurs modèles pour
 décrire un système. Dans ce contexte, un modèle propose d'observer le système
 étudié à travers le prisme d'un point de vue particulier, appelé \emph{niveau de
-description}. Le notion de \emph{niveau} met ici l'accent sur le fait que chaque
+description}. La notion de \emph{niveau} met ici l'accent sur le fait que chaque
 modèle peut ne s'intéresser qu'à une sous-partie du système (peu importe ce que
 l'on entend par sous-partie ici) et propose donc une description incomplète du
 système. C'est par le couplage entre les modèles que ces \emph{descriptions}
@@ -193,7 +193,7 @@ points, les suivants, attireront plus particulièrement notre attention car ils
   dans la littérature a été compliquée par l'absence d'une source \emph{unifiée}
   permettant de compiler l'ensemble des connaissances sur un sujet en
   particulier, dans ce cas sur l'organisme étudié. La modélisation d'une
-  cellule entière bénéficierai grandement d'outils permettant d'agréger et de
+  cellule entière bénéficierait grandement d'outils permettant d'agréger et de
   \emph{normaliser} toutes les données nécessaires à la calibration des modèles;
 
 \item[Construction et intégration de modèles] Un facteur limitant a
@@ -622,7 +622,7 @@ Bien qu'aucun vocabulaire ne soit disponible au niveau des cellules pour en
 parler directement, ce travail montre comment des motifs peuvent être
 représentés par l'ensemble des cellules localement actives. Il s'agit bien là
 d'un exemple de complexification à rapprocher fortement des considérations
-développées chapitre~\ref{chap:partie-activite} sur l'identification des zones
+développées dans le chapitre~\ref{chap:partie-activite} sur l'identification des zones
 actives dans les modélisations \mgs.
 
 Une question reste néanmoins en suspens: lorsque les motifs ont des propriétés
@@ -670,7 +670,7 @@ L'ensemble des réseaux $\text{Neur}_t$ forme une collection $\text{Neur}$ (voir
 qui, pour chaque couple d'instants $t < t'$, relie les nœuds de $N(t)$ à ceux
 de $N(t')$ et les arcs de $S(t)$ à ceux de $S(t')$ en préservant l'incidence,
 propriété assurée par la fonctorialité de $k$ (la définition d'un foncteur est
-donnée définition~\ref{def:foncteur}), et en vérifiant la transitivité suivante
+donnée dans la définition~\ref{def:foncteur}), et en vérifiant la transitivité suivante
 (présentée ici sur les nœuds uniquement): pour trois instants $t < t' < t''$ et
 trois nœuds $(n_1,n_2,n_3)\in N(t) \times N(t') \times N(t'')$:
 
@@ -1765,8 +1765,8 @@ spatio-temporelles:
 
   \item $\SpaceTime \rightarrow \dots$\\
   L'espace et le temps forment ici un tout, $\SpaceTime$, qui ne peut être
-  dissocié. En physique, la relativité est une parfaite illustration d'étude
-  ce type de système. Bien qu'il soit possible de n'observer que l'action du
+  dissocié. En physique, la relativité est une parfaite illustration de l'étude
+  de ce type de système. Bien qu'il soit possible de n'observer que l'action du
   temps sur un point de l'espace en suivant les lignes d'univers, la description
   qui en résulte n'est pas complète. En effet, un changement d'observation,
   c'est-à-dire le passage d'une ligne d'univers à une autre, modifie la

partie-otb.tex

@@ -1080,7 +1080,7 @@ automates à blocs):
 
 
 \subsection{Bounding box et activité}\label{sec:boundingbox}
-Dans OTB, l'environnement dans lequel évoluent les bactérie n'a pas \emph{a
+Dans OTB, l'environnement dans lequel évoluent les bactéries n'a pas \emph{a
   priori} de taille fixe et subit une expansion ou une contraction en fonction
 de l'espace occupé par les bactéries, ou par leur support. Nous appelons
 \emph{bounding box} la boîte englobante dont l'intérieur forme l'environnement
@@ -2121,7 +2121,7 @@ fait: l'utilisation de \ocaml, de \opencl et \opengl. Nous avons ainsi décidé
 de tirer partie du parallélisme présent dans les ordinateurs grand public,
 ce qui nous a amené à développer \ppm, un algorithme inspiré des travaux des
 chapitres précédents (section~\ref{sec:ppm}). \ppm est conçu de sorte que le
-contexte nécessaire à l'exécution de chaque kernel leur soit immédiatement
+contexte nécessaire à l'exécution de chaque kernel lui soit immédiatement
 disponible. Ainsi le travail de chaque kernel est effectué de manière autonome
 et en parallèle sans accès concurrent à la mémoire. \ppm est utilisé à la fois
 pour l'exécution du moteur chimique et pour l'exécution du moteur physique. Ces